Наблюдение по идентификационной системе «свой или чужой» показывало, что воздушное судно передавало сигналы, используемые иранскими истребителями, дислоцированными в зоне военных действий. Даже после того, как «Винсеннес» трижды передал по радио предупреждения на используемой гражданскими самолетами аварийной частоте 121,5 МГц (International Air Defence — IAD радиочастота) и четырежды военной 243 МГц (Military Air Distress (MAD)), ответа от иранского пилота не последовало. Самолет также не изменил курс, как того требовали предупреждения. Согласно американскому боевому уставу, командир корабля может принять единоличное решение и открыть огонь по самолету, если он приблизится на расстояние меньше 32 км. В 10.51 авиалайнер пересек эту черту, и компьютерная система автоматически привела в боевую готовность две ракеты «Стандарт-2» класса «земля — воздух».
Капитан Роджерс послал предупреждения. Ему показалось, что самолет вошел в пике, набирая скорость, будто бы собираясь атаковать корабль. Выбора не было: минимальный радиус действия ракет составлял около 10 км. В 10.54.43 (6.54.43 по UTC), когда самолет достиг отметки 14 км, капитан произвел залп двумя ракетами. По крайней мере одна поразила пассажирский самолет; он взорвался и рухнул в воду.
Через несколько часов министр иностранных дел Ирана Али Акбар Велаяти сделал заявление: «Вашингтон практически признался в своем преступлении, допустив, что его вооруженные силы сбили ракетами иранский военный самолет. Никакого иранского военного самолета в это время в данном районе не было. Американскими ракетами сбит аэробус, совершавший рейс в Дубаи».
Пресса стран Персидского залива дружно осудила действия американских военных.
Президенту США Рональду Рейгану пришлось сделать специальное заявление. Он признал, ответственность американских ВМС за гибель иранского лайнера, охарактеризовал ее как «страшную человеческую трагедию». Однако, добавил президент, ракеты выпущены в качестве «надлежащей оборонительной акции» с целью «самозащиты от возможного нападения». Крейсер действовал в соответствии с «существующим приказом», после того как самолет «не отреагировал на неоднократные предупреждения».
Рейган хотя и выразил сожаление в связи с ужасной человеческой трагедией, тут же заявил, что политика сохранения присутствия военно-морских сил США в составе 25–30 кораблей, которые призваны защищать морские пути от иранских атак, останется без изменений.
Фраза Рейгана, назвавшего действия крейсера «Винсеннес» «надлежащей оборонительной акцией», стала, по сути дела, официальной концепцией администрации США. Интерпретация события как «трагической случайности» тут же была изложена в специальных посланиях, разосланных из Вашингтона в столицы союзных США государств. Руководители ряда натовских стран, как, например, английский премьер-министр Тэтчер тут же подхватили эту интерпретацию, чтобы подтвердить «право» находящихся в Персидском заливе ВМС США на «самооборону».
В конгрессе США, где большинство принадлежало демократам, назначены слушания с целью выяснить, в какой мере пентагоновские круги повинны в случившемся. В письме руководству конгресса, нацеленном на исключение любых настроений в пользу введения в действие закона о военных полномочиях от 1973 года, Рейган объявил инцидент закрытым. Введение в силу закона привело бы к уходу США из Персидского залива что противоречило стратегическим интересам Вашингтона в этом районе.
Председатель комитета начальников штабов адмирал Уильям настаивал, что «самолет следовал вне обычного воздушного коридора на большой скорости (более 500 миль в час, хотя в действительности 260 миль в час) и к тому же шел на снижение (на самом деле набирал высоту), не отвечая на подававшиеся ему радиосигналы». А корреспондент Си-Би-Эс при Пентагоне сообщил: «В правительстве существует предположение, что это нечто вроде атаки камикадзе». Иными словами, Иран решил таранить гражданским авиалайнером американский крейсер.
Однако американская телекомпания Эй-Би-Си привела важное свидетельство: «Опытный авиадиспетчер-европеец, работающий в аэропорту Дубаи, сообщил, что операции по поиску жертв трагедии иранские самолеты вели в пределах установленного для гражданских рейсов воздушного коридора. Это свидетельствует о том, что вопреки утверждениям американской стороны авиалайнер не отклонялся от обычного маршрута. В Персидском заливе постоянно возникают проблемы из-за того, что военные корабли пытаются заставить коммерческие самолеты отклониться от установленных маршрутов. Среди работающих в аэропортах региона диспетчеров широко распространено недовольство неквалифицированными, приказными методами, практикуемыми радистами американских кораблей»