По сути, Оппенгеймер сотрудничал с Лоуренсом с начала 1941 года, когда тот разработал с помощью циклотрона электромагнитный процесс отделения изотопа урана-235 (U-235), который мог пригодиться для создания ядерного взрывного устройства. Оппенгеймер и многие другие ученые были в курсе того, что в октябре 1939 года президент Рузвельт распорядился основать Урановый комитет, координирующий исследование деления атомов урана. Однако к июню 1941 года многие ученые начали беспокоиться, что германское научное сообщество могло продвинуться в области исследования деления урана куда дальше американцев. Осенью того же года Лоуренс, встревоженный отсутствием прогресса в создании прототипа атомной бомбы, написал Комптону и настоял, чтобы Оппенгеймера пригласили на секретное совещание, намеченное на 21 октября 1941 года в лаборатории «Дженерал электрик» в Скенектади, штат Нью-Йорк. «У Оппенгеймера есть важные новые мысли», — писал Лоуренс. Зная, что имя Оппенгеймера ассоциируется с радикальной политикой, Лоуренс написал Комптону отдельную записку со словами: «Я очень доверяю Оппенгеймеру».
Оппи приехал на встречу в Скенектади 21 октября, и его расчеты количества урана-235, необходимого для создания эффективного оружия, составили важную часть заключительно отчета о заседании, отправленного в Вашингтон. Для запуска цепной реакции, считал он, должно хватить ста килограммов. Заседание, на котором присутствовали Конант, Комптон, Лоуренс и небольшая группа других лиц, произвело на Оппенгеймера глубокое впечатление. Павший духом после новостей о наступлении фашистов на Москву, Оппенгеймер горел желанием помочь подготовить Америку к грядущей войне. Он завидовал тем коллегам, которые занимались радиолокацией, и «только после первого знакомства с зачаточным проектом по атомной энергии, — свидетельствовал он потом, — я начал видеть, каким образом смогу принести прямую пользу».
Через месяц Оппенгеймер черкнул Лоуренсу записку, уверяя, что с профсоюзной работой покончено: «…никаких трудностей [с профсоюзами] больше не возникнет. <…> Я говорил не со всеми участниками, но все, с кем я говорил, с нами согласны, так что можешь об этом больше не вспоминать».
Однако, даже оборвав связи с профсоюзами, Оппенгеймер не удержался, чтобы той же осенью не сделать жесткое публичное заявление в защиту гражданских свобод. На другой стороне континента нью-йоркский политик, член сената штата Ф. Р. Кудерт-младший воспользовался должностью сопредседателя Нью-Йоркского объединенного законодательного комитета по расследованию государственной образовательной системы для развязывания громкой «охоты на ведьм» против мнимых подрывных элементов в государственных университетах штата Нью-Йорк. К сентябрю 1941 года один только Городской колледж Нью-Йорка уволил двадцать восемь преподавателей, часть которых состояла в учительском профсоюзе — том самом, в который Оппенгеймер вступил в Беркли. Американский комитет по защите демократии и свободы мысли (ACDIF), в котором Оппенгеймер тоже состоял, опубликовал заявление, осуждающее увольнения. В ответ сенатор Кудерт обвинил ACDIF в связях с коммунистами. Поддержку нападкам Кудерта оказала «Нью-Йорк таймс».
Оппенгеймер вломился в эти политические джунгли с категорическим протестом. Его датированное 13 октября 1941 года письмо сочетало в себе вежливость тона, остроумие, иронию и язвительный сарказм. Оппенгеймер напомнил сенатору, что поправки к конституции гарантировали не только свободу взглядов, пусть даже радикальных, но и право выражать эти взгляды устно или письменно на условиях «анонимности». Действия «учителей, будь то коммунисты или сочувствующие коммунистам, заключались в проведении собраний, выражении своих взглядов и их публикации (нередко анонимной), то есть такие действия защищены поправками к конституции», — писал он. И напоследок бросил вызов, заметив: «Ваше заявление с его ханжескими уловками и нападками на красных окончательно убедило меня, что слухи, ходящие о фальшивом подобострастии, запугивании и фанаберии, царящих в комитете, председателем которого вы являетесь, истинная правда».
В конце 30-х годов прошлого века Оппенгеймер находился в гуще событий, где и желал быть. «Что бы ни случалось, — говорил Кеймен, — достаточно было прийти к Оппенгеймеру и рассказать ему, в чем дело. Подумав, он давал объяснение. Оппи был официальным объяснялой». И вдруг в начале 1941 года у Оппенгеймера появились основания подозревать, что его отодвигают в сторону. «Ни с того ни с сего, — говорил Кеймен, — все перестали с ним разговаривать. Он выпал из круга. Происходили какие-то крупные события, однако он не мог уловить их суть. И поэтому все больше и больше раздражался. Лоуренс тоже очень волновался, чувствуя, что Оппенгеймер рано или поздно догадается о происходящем, так что с точки зрения безопасности делать из него постороннего не имело смысла. Такого человека лучше было иметь на своей стороне. Допускаю, что так оно и случилось. Они, должно быть, решили: за ним проще следить в рамках проекта, чем вне его».