Митрополит был обвинен в «порочном поведении»
[1273], его временно отстранили от дел и отправили в Богоявленский монастырь (за Ветошным торгом, в Китайгороде) [1274]. В Соловецком монастыре во время ревизии опечатали казну [1275]. Нашлись и лжесвидетели [1276]. Среди них был соловецкий игумен Паисий, ученик митрополита, которому якобы посулили епископский сан за выступление против Филиппа. Василий Темкин и Феодосий составили обвинительный акт, который Пафнутий не захотел подписать [1277].Суд над Филиппом состоялся на импровизированном заседании Земского собора, на который, однако, самого митрополита не допустили («ни со оклеветающими его постави»)
[1278]. 4 ноября его «из святительского сана свергоша» [1279]. Поддерживавший Филиппа архиепископ казанский Герман 6 ноября был казнен [1280].Не зная о соборном решении или не желая ему подчиниться, митрополит 8 ноября (в Михайлов день) произносит очередную проповедь. В это время в церковь ворвались опричники во главе с А.Д. Басмановым (по Таубе и Крузе — Малютой Скуратовым), сорвали с Филиппа облачение и отправили митрополита в монастырь Николы Старого (или Богоявленский), а затем в Тверской отрочь монастырь
[1281]. И ноября новым митрополитом избирается архимандрит Троице-Сергиева монастыря Кирилл [1282].23 декабря 1569 г. во время похода Ивана IV на Новгород бывший митрополит Филипп, как передавала из уст в уста народная молва, был задушен Малютой Скуратовым за то, что отказался благословить царя на разгром «новгородских изменников»
[1283].Столкновение митрополита Филиппа с Иваном Грозным было наиболее ярким эпизодом борьбы между церковью — этим «государством в государстве» — и самодержавной властью за политическое преобладание.
Исследуя особенности иммунитетной политики в опричные годы, С.М. Каштанов установил, что именно тогда происходит восстановление тарханных привилегий монастырей, уничтоженных еще в период правления Избранной рады
[1284]. С.М. Каштанов объясняет этот парадоксальный факт стремлением правительства заручиться поддержкой церковных феодалов в борьбе с княжеско-боярской оппозицией. Однако этого объяснения недостаточно. Несомненное возвращение к удельной старине, обнаруживающееся в опричной политике Грозного и проявившееся, в частности, в иммунитетных мероприятиях, объясняется тем, что царь выбирал старые формы для осуществления новых целей. А одной из новых задач, которые поставлены были в опричные годы, стало полное подчинение церкви государству. Поэтому в широкой практике раздачи льгот духовным феодалам нельзя не увидеть стремления Ивана IV привязать к себе монастыри-вотчинники, противопоставить их высшей церковной иерархии — митрополиту и епископату: митрополиту царь (в отличие от Владимира Старицкого) так и не выдал ни одной жалованной грамоты. С.М. Каштанов обратил внимание на тот примечательный факт, что после 1563 г. отменялась подсудность монастырских властей в светских делах митрополиту и епископам, прокламированная еще Стоглавом. Отныне тяжбы настоятелей со светскими лицами подлежали светскому суду [1285]. Только при помощи и поддержке со стороны могущественных духовных корпораций можно было сломить сопротивление руководящей верхушки русской церкви. Лишь после того как эта цель была достигнута, Иван IV снова (в середине 70-х годов) ставит вопрос о сокращении монастырских привилегий [1286].Гибель Филиппа сопровождалась почти полным «перебором» церковных иерархов.
Сторонника строптивого митрополита полоцкого архиепископа Афанасия Палецкого еще 17 мая 1568 г., т. е. в самый разгар борьбы царя с митрополитом, отправили в Кирилло-Белозерский монастырь (место его пострижения). В том же году произошла смена крутицкого епископа: вместо осифлянина Галактиона владыкой становится Герман.