Оказавшись на Мальте, госпитальеры снова приступили к освоению и обустройству достаточно изолированного острова. Мальта, по сравнению с Родосом, была гораздо меньше по размеру и равниннее, располагаясь гораздо дальше в море от континентального побережья. Здесь почти не было леса; расстояние до примыкающего к Мальте острова Гоццо было намного меньше по сравнению с расстоянием между Родосом и Косом или Леросом. Столица, имеющая фортификационные сооружения, находилась в глубине, на отдалении от морских берегов. Остров слишком зависел от импорта продовольствия и, в то же время, не являлся часто посещаемым портом, располагаясь в стороне от основных морских путей.
На Мальте госпитальеры встретили глубоко христианизированное общество и, таким образом, столкнулись с определенными проблемами, с которыми они не привыкли иметь дело. Жители Родоса заключили в 1309–1310 гг. соглашение с Орденом, по которому они признавали верховный авторитет римского папы. За ними оставалось право отправления службы по греческому обычаю на собственном языке, часть доходов и владений оставалась в распоряжении греческого митрополита. Великий Магистр облекался правом назначения или отрешения от должности греческих священнослужителей и отчуждения греческих монастырей, церквей и нотариальных учреждений.
Таким образом, на Родосе было два главы церкви, два главных собора и два корпуса священнослужителей: греческий и римский (латинский). Согласно новому установлению, принятому в 1474 г., Великий Магистр должен был выбрать нового митрополита из двух или трех кандидатов, предлагаемых греческим сообществом. Мальтийский архиепископ утверждал эту кандидатуру, затем новый митрополит, в качестве его викарного епископа, приносил клятву верности римской церкви, и вводился в сан греческим духовенством. В религиозном отношении греки оказались подчинены госпитальерам, однако они сохраняли свои традиции церковной службы, а в сельской местности греческие священники часто играли ведущую роль в жизни местных общин[645].
Прибытие госпитальеров сравнительно не изменило сложившийся на Мальте порядок — мир провинциальной политики, светской религиозности, сельских часовен, сложившихся братств, приходских священников, доминирующих в общественной жизни. До 1530 г. глава церкви фактически не находился на острове, а после 1530 г. это, как правило, был житель острова, являющийся, однако иностранцем и госпитальером. Соглашение 1530 г. постановляло, что глава местной церкви должен избираться королем Сицилии из числа кандидатов, представленных магистром. После 1574 г. на острове появилась еще одна важная духовная личность — инквизитор, он был тоже иностранец, не мальтиец, но не принадлежащий к членам Ордена госпитальеров и действовал в качестве отдельного папского представителя с собственной юрисдикцией.
Обычно архиепископ тяготел к союзу с высшими чинами духовенства в Мдине, представляя местные мальтийские интересы в противовес иностранцам и их свите. Братство госпитальеров представляло собой
отдельное привилегированное религиозное сообщество, которое располагало собственным духовенством, имело свою Конвентуальную церковь в Биргу, а позднее в Валлетте, и на которое не распространялась юрисдикция местного архиепископа и судов. Мальтийцы, как и родосцы, говорили на собственном не романском языке, не понятном для большинства госпитальеров, однако, очевидно, что на Мальте Орден имел гораздо больше проблем с римским духовенством, вступая с ним в постоянные и разнообразные конфликты, по сравнению с греками на Родосе.
Один из таких конфликтов произошел вскоре после обоснования госпитальеров на Мальте. Умирает мальтийский епископ Валткирк. Как и полагалось по соглашению с Карлом V де л’Иль Адан представил на выбор императору трех кандидатов: рыцаря овернского языка Понтуса Лоренсиса, Вице-канцлера итальянского языка Томаса Бозио и подданного императора, рыцаря арагонского языка Доминика Кубеля. Тогда же л’Иль Адан написал письмо Клементу VII, в котором просил папу, чтобы он просил Императора дать согласие на избрание Томаса Бозио1.
Вскоре пришло сообщение, что выбор Великого Магистра подтвержден и Бозио был отправлен в Рим для посвящения. Но, прибыв в Рим, он узнает, что папа передумал, и уже назначил епископом Мальты Кардинала Гинуцци. Началась новая переписка, но к счастью Великого Магистра неожиданно умирает Клемент VII, и папой становится Павел III, который, разобравшись во всех перипетиях этого дела, совершает посвящение Томаса Бозио в епископы, и назначает его на Мальту.
Все эти интриги, происходившие вдали от Мальты, были ничтожными по сравнению с теми событиями, которые разыгрались на острове во время заседания Великого Капитула летом 1534 г.