В это же время пришло известие о смерти 12 октября 1537 года Великого Магистра Дидье де Сен-Жайлья, который умер в Марселе по дороге из Приорства Тулузского на Мальту. Несмотря на то, что все рыцари были уверены, что новым Великим магистром станет герой Триполи, но зависть некоторых рыцарей и интриги рыцаря Гарсии Кортеса — главы выборщиков, привели к тому, что новым Великим Магистром стал Бальи Каспский из арагонского языка Хуан де Хомедес (1536–1553). Это был весьма храбрый воин, потерявший один глаз при защите Родоса, но в тоже время он отличался от своих предшественников большим корыстолюбием. Он тут же отстранил Ботигелло от командования галерами, назначив на его место молодого Леона Строцци, родственника Екатерины Медичи — королевы Франции, которому папа Клемент VII приходился дядей, и который отдал ему свое Капуйское Приорство. Юный Приор столь неожиданно ставший генералом прежде, чем по законам ордена он должен был пробыть простым воином, отправился в свой первый поход, под командованием адмирала Карла V Дория.
Морские сражения, в которых участвовали мальтийские рыцари, заслуживают более тщательного и детального описания.
Встретив турецкий флот, везший войска в Долмацию на 12 галерах, Дория вступил с ними в бой. Несмотря на превосходство сил противника (у Дории были 34 галеры и у Строцция — 4 орденских), турки вступили в сражение. 2 турецких корабля одновременно атаковали мальтийскую галеру, и Строцци пришлось драться на два фронта. Ему удалось даже пленить одну галеру, не взяв, правда, в плен ни одного турка.
После сражения адмирал Дория узнав, что из Марселя вышли 10 французских галер, на которых ехал посол короля Франца I, отправился к мысу Пасаро для перехвата. Строцци, соблюдая нейтралитет, возвратился на Мальту, захватив по дороге еще два больших турецких судна, на которых находилось свыше 400 христианских невольников.
Вскоре на Мальту пришли известия из Флоренции, которые заставили Строцци покинуть Мальту и даже поступить на французскую службу.
Тем временем Карл V покинул Африку, и как только турки об это узнали, они возобновили свои нападения на Тунисские берега. Великий Магистр Хуан де Хомедес вооружил 14 галер с большим количеством рыцарей наемных солдат. Высадившись на африканском берегу, командование сухопутными войсками взял на себя молодой маркиз Терр-Ниов. Однако неопытность этого сицилийца чуть не привела к поражению орденской армии.
Неудачей окончился поход Карла V и в Алжир. И отходя только к 25 ноября, он смог добраться до Карфагена, где находились три поврежденных в Алжире орденских судна. Из Карфагена побитый и помятый Карл V вернулся в Испанию. После ремонта судов, Великий Бальи и Вицекороль немедленно отправился к Мальте, оказавшейся во время военных действий в Африке, почти без флота. Этим воспользовались корсары и турки, безнаказанно возобновившие грабеж островов Мальты и Гоцци. Турки вообще никак не могли смириться с новым появлением мальтийских рыцарей, ставших их заклятыми врагами.
В это время в Константинополе умирает последний Барбаросса и на его место Сулейман назначает Драгута (Торгута), который еще при жизни своего друга Барбароссы был им назначен наместником и командиром эскадры из 12 галер. Нападая на населенные пункты африканского побережья, Драгута ежегодно опустошал еще и берега Сицилии и Неаполя, наводя страх на всех жителей прибрежных государств Средиземноморья. Его морское могущество стало столь грозным, что ни одно судно не могло отправиться из Италии в Испанию, чтобы не оказаться у него в руках.
Неоднократно мальтийские рыцари вступали с ним в сражения. Победа и взятие мальтийцами крепости Мегедин, которая не раз переходила из рук в руки, заставила Драгута перенести свое внимание на сражения в море. Одновременно он отправил к султану предложение совместными силами выгнать рыцарей из Мальты и Триполи. Сулейман согласился и приказал подготовить и вооружить большой флот. Это извести пришло на Мальту и в Неаполь в тот самый момент, когда флот под командованием адмирала Дории выполнял поручение Карла V, охраняя поездку сына императора из Италии в Испанию, а обратно должен был доставить племянника императора в Германию. Соединенный Неаполитано-Сицилийский флот, был настолько слаб, что они потребовали от Великого Магистра присылки для их поддержки дополнительных галер. Но Хуан де Хомедес, будучи испанцем, несколько заискивал перед испанским Двором, что и здесь решил выслужиться. Он собрал орденские галеры, назначил командовать ими генерала Пье де Фера[650], и оправил их для охраны флота Карла V. Прибыв в Мессину, Пид де Фер узнает, что турецкий флот уже движется к Мальте и Триполи.