Используя набожность Алексея Михайловича и его душевную расположенность к себе, Никон сумел навязать ему идею церковной реформы. Верующие оказались перед необходимостью изменить порядок богослужебной церемонии, предварительно исправив ошибочные, унаследованные от времени наслоения, появившиеся в ходе многократной переписки древних текстов. Отныне вести богослужение требовалось не по устоявшемуся древнеславянскому канону, а по древнегреческому. Никон, а за ним и Алексей Михайлович сочли, что так будет ближе к традиции, идущей от самого Христа. Новации, надобность которых была неочевидна даже ведущим богословам, вызвали решительное неприятие многих церковнослужителей и простых верующих. Упорство отвергавших нововведения христиан стало камнем преткновения. У государственной и церковной власти такая реакция вызвала сначала недоумение, а потом и гнев.
Был ли Аввакум посвящен в далеко идущие планы Никона, мы не знаем. Не можем и доподлинно узнать, что стояло за их разрывом — только ли верность принципам или упрямое противостояние земляков-соперников, их нежелание уступать друг другу даже в самом малом? Больше трех веков потребовалось Русской православной церкви, чтобы осмыслить ничтожность распри, затеянной Никоном и Аввакумом. Поместные сборы РПЦ 1966–1967 и 1975 годов признали, наконец, «равночестность» старого и нового обрядов, отменили проклятия и анафемы в адрес ревнителей «старой веры».
Когда патриарх и вдохновленный им царь приступили к «книжной справе» по греческим образцам, протопоп занял непримиримую позицию, начав повсеместно предавать анафеме «церковную затейку». Эта протестная деятельность встретила поддержку в рядах как церковников, так и многих верующих. Возмущение ширилось, что ставило под угрозу весь проект реформы. Власть приступила к репрессиям, и первым из тех, кто им подвергся, был не поддающийся угрозам и уговорам Аввакум. Но главное — никому из зачинателей раскола, ни «тишайшему» царю, ни Никону, ни Аввакуму, не пришло в голову осмыслить, к чему приведет, какие последствия повлечет за собой этот, по сути дела, внутрицерковный, корпоративный спор. Нехватка здравого смысла, гордыня, честолюбие невежественных, одержимых своей правотой лидеров обрекли россиян на долгий непримиримый «спор славян между собою».
Конечная цель авторов церковной реформы состояла в том, чтобы православная Русь, преодолев «ошибки» в богослужебной практике, взяла на себя главенство над всей восточной частью христианского мира, где сохранились, не подвергшись поруганию, первозданные каноны христианства. Авторство идеи приписывают псковскому старцу Филофею: это он якобы первым обосновал теорию о Москве как Третьем Риме. Честолюбивая, облаченная в благочестивые одеяния «затейка» уже тогда стала оборачиваться неисчислимыми проблемами. Никон не знал или не хотел знать, что помимо христианских догматов и евангельских текстов существовала передаваемая от поколения к поколению память духа, питавшая силы гонимого, но непокорного народа. С течением веков это стало особым свойством национального характера, упрямого в своих достоинствах и заблуждениях. Именно вера во всех ее исповедальных канонах стала неколебимой данностью, высшей ценностью непримиримых, пошедших наперекор и царю, и патриарху, россиян. Противники называли их раскольниками, а сами они — старообрядцами.
Устроителям реформы — Никону и Алексею Михайловичу — было не дано понять, что на Руси за годы нашествий и междоусобиц выстроилась хоть и христианская, но особая церковь. Вера в Бога, в учение Христа оставалась незыблемой, однако в нее проник дух особой боговерческой традиции. Она настолько вросла в сознание, в плоть и кровь верующего народа, что перемены даже в самом малом воспринимались как отступничество, предательство самой веры. Подстроиться под греческий канон означало для них оказаться в одном ряду с «лукавыми» греками, которые сперва покорно приняли Флорентийскую унию с католичеством, а потом подстроились под османскую оккупацию, поступаясь основами вероучения.
Реформаторская деятельность Никона продолжалась недолго. Уже в 1658 году, не найдя общего языка с царем, он удалился из Москвы в основанный им Ново-Иерусалимский монастырь, а восемь лет спустя был лишен церковным собором патриаршего достоинства и сослан в северный монастырь. Разочаровавшись в «собином друге», Алексей Михайлович и не думал отказываться от задуманной Никоном церковной реформы. Наоборот, он еще с большим рвением, несмотря на протесты не только верующих, но и церковных иерархов, решил продвигать идеи церковного обновления. Именно в те годы в глубоко религиозном христианском обществе Руси было положено начало разделению на последователей обряда старого и обновленного. Редактирование богослужебных книг, перемены в богослужебном каноне вызвали неодолимый народный протест. Подавить его не удавалось на протяжении двух веков, несмотря на настойчивые усилия со стороны официальной церкви и государственной власти.