1. Министерство образования рассматривает магистратуру как одну из основных образовательных программ в структуре высшего профессионального образования, состоящую из 4-летней образовательной программы подготовки бакалавра и 2-летней программы специализированной подготовки магистра. Предлагаемая формулировка сужает возможности магистерской подготовки и превращает ее в систему подготовки по специальности с удлиненным сроком обучения с 5 до 6 лет.
2. Подготовку магистров целесообразно ориентировать не только на научно-исследовательскую и педагогическую деятельность, как это сегодня зафиксировано в нормативных документах, но и на высококвалифицированную практическую работу.
3. Требуют совершенствования образцы государственных документов о высшем профессиональном образовании. В дипломе магистра важно указывать не просто направление подготовки, а наименование конкретной программы, в приложении к диплому должна быть указана специализация. Кроме того, целесообразно указывать факультет, где проходил обучение студент.
4. Отсутствует соответствие между магистратурой и аспирантурой как по перечню магистерских программ и кандидатских специальностей, так и по срокам и содержанию обучения в аспирантуре выпускников магистратуры.
5. По-прежнему остается актуальным вопрос о финансировании магистерской подготовки. Целесообразно предусматривать, с одной стороны, многоканальную систему финансирования магистерской подготовки: госбюджет, возмещение затрат за обучение как физическими, так и юридическими лицами, спонсорская помощь и т.д. С другой стороны, необходимо специально продумать вопрос о таких формах бюджетного целевого финансирования студентов-магистрантов, как стипендии, гранты, а также о возможности предоставления и получения специальных кредитов на оплату за обучение.
6. Возникают формальные вопросы, связанные с трудоустройством людей, имеющих диплом магистра, т.к. в действующем квалификационном справочнике должностей руководителей, специалистов и других служащих в разделе «требования к квалификации» до сих пор не предусмотрено наличие квалификации «магистр».
7. Существуют определенные проблемы и с институциональным (организационным) оформлением магистерской подготовки в рамках факультета и университета. Переход на многоуровневую систему образования предполагает изменение принципов организации и управления учебным процессом. Неизбежно встают вопросы, связанные с определением места и роли кафедр в реализации магистерских программ. Как правило, магистерские программы носят междисциплинарный характер, поэтому не существует понятия «выпускающей кафедры» и жесткого соответствия между конкретной кафедрой и программой. Кафедры на равных правах вносят посильный вклад в различные магистерские программы. В связи с этим возникает необходимость определения статуса руководителя магистерской программы, его функциональных прав и обязанностей.
8. Достаточно острыми и злободневными остаются вопросы методики преподавания и обучения в магистратуре. Магистерская подготовка не только предполагает, но и требует перехода к активным формам обучения, переноса акцентов на самостоятельную работу студентов, что, в свою очередь, связано с изменением деятельности профессорско-преподавательского состава, разработкой и внедрением новых методик, а также изменением учета нагрузки профессорско-преподавательского состава [116, 175].