Он предполагал установить на аппарате, который стал первой крылатой ракетой, радар и радиокомандную систему управления, однако эти предложения были отклонены из-за опасения, что союзники будут применять меры электронного противодействия. Вместо этого конструкторы обратились к варианту с инерциальной системой управления. Предложенный аппарат получил в «Физелере» обозначение Р.35 «Erfurt», он имел дальность 300 км и мог нести 500-килограммовую боеголовку со скоростью 700 км/ч. Проект, представленный руководству люфтваффе 5 июня 1942 года, был воспринят с воодушевлением, так как отношение высшего командования ВВС к этому типу оружия кардинально изменилось. Дело в том, что после начала союзниками систематических бомбардировок территории Германии Гитлер потребовал осуществить карательные удары по Англии. Однако в это время люфтваффе испытывало недостаток в тяжелых бомбардировщиках вследствие задержек в программе разработки самолета Не-177. Поэтому для повышения своего престижа командование авиации нуждалось в программе разработки собственной ракеты, учитывая, что армия настаивала на необходимости развития своих баллистических ракет А-4 и называла деятельность люфтваффе основной причиной неудач в 1940 году во время битвы за Англию. Проект крылатой ракеты был одобрен 19 июня 1942 года и включен в программу «Вулкан», которая объединяла усилия ВВС в области разработок ракетного оружия. Аппарат, имевший в фирме «Физелер» внутреннее обозначение Р.35, получил в RLM официальное название Fi-103. В целях же обеспечения секретности проект сначала получил кодовое наименование «Kirschkern» («Вишневый камень»), а затем индекс FZG 76 (Flakzielgerat 76). Фирма «Аргус» отвечала за пульсирующий двигатель, теперь обозначавшийся как As 014. Разработка системы наведения была поручена фирме «Аскания» (Берлин), которая уже создавала инерциальные системы наведения для других ракет люфтваффе. Компания «Рейнметалл-Борзиг» разрабатывала пусковую установку.
При разработке Фау-1 немецкие конструкторы оказались не в силах теоретически рассчитать устойчивость самолета-снаряда в полете. Для этого было необходимо провести его испытание в воздухе под управлением летчика. На одном из самолетов-снарядов смонтировали шасси для взлета и посадки, оборудовали место пилота и необходимое управление для пилотирования. Но габариты кабины были настолько малы, что там мог поместиться пилот очень небольшого роста. Это послужило причиной того, что испытание было поручено знаменитой нацистской летчице Ханне Рейч. Ее полет позволил выявить дефекты устойчивости Фау-1 и устранить их. Посадка происходила на большой скорости и окончилась аварией, повлекшей ранение пилота.
Первый образец ракеты Fi-103 был закончен к 30 августа 1942 года, в сентябре был готов двигатель, после чего начались летные испытания. Многочисленные отказы во время летных испытаний чуть было не привели к прекращению программы. После того как проблемы с отработкой двигателя были решены, на полигоне люфтваффе «Пенемюнде Вест» подготовили к испытаниям позицию, она располагалась рядом со стартовой позицией для пуска баллистических ракет А-4. Стартовая позиция с катапультой фирмы «Рейнметалл-Борзиг» была установлена в восточном направлении вдоль балтийского побережья. Первый пуск макетного образца с катапульты состоялся 20 сентября 1942 года, а первый пуск опытного образца Fi-103 V12 с включением двигателя состоялся 24 декабря. Ракета летела около минуты и достигла скорости 500 км/ч, прежде чем упала в Балтийское море. Параллельно шла обработка метода запуска ракеты с самолета-носителя. Первый запуск ракеты без двигателя с самолета Fw-200 состоялся 28 октября, а 10 декабря запустили Fi-103 V17 с включенным двигателем.
Выполнение программы испытаний сопровождалось многочисленными отказами и авариями. Недостатки пусковой установки фирмы «Рейнметалл-Борзиг» привели к появлению альтернативной катапульты «Schlitzrohrschleuder», разработанной в начале 1943 года фирмой «Вальтер» («Hellmuth Walter Werke»). В конструкции катапульты Вальтера использовался газогенератор, работавший на комбинации T-Stoff (перекиси водорода) и Z-Stoff (марганцовокислого натрия). Получившийся в результате смешивания компонентов газ высокого давления закачивался в цилиндр внутри направляющего рельса катапульты и приводил в движение поршень, крепившийся к ракете, который и разгонял ее.
Работу двигателя сопровождали сильный шум и вибрация фюзеляжа и консолей крыла. Наиболее бесполезной проблемой было разрушение входных створок воздухосборника. К концу июля 1943 года были запущены 84 самолета-снаряда Fi-103, из них 16 ракет стартовали в воздухе с самолета-носителя и 68 ракет — с наземных катапульт. Из всех пусков с катапульт только 28 пусков были успешны.