Кроме того, существенный вклад в создание советской атомной бомбы внесли и немецкие учёные (М. Арденне, Г. Герц, Н. Риль, М. Фольмер, П. Тиссен, М. Штеенбек, Г. Циппе и другие), которые после окончания войны были вывезены в Абхазию, где на базе двух закрытых объектов «А» (санаторий «Синоп») и «Г» (санаторий «Агудзеры») ими были созданы установка по производству тяжёлой воды, газовая центрифуга, никелевые фильтры для газодиффузионного разделения изотопов урана и т. д. Причём для руководства всей этой работой в ноябре 1945 г. в структуре НКВД СССР было создано отдельное Управление специальных институтов (9-е Управление НКВД), которое возглавил ещё один легендарный сталинский нарком — Авраамий Павлович Завенягин.
Между тем 9 апреля 1946 г. Совет Министров СССР принял ряд принципиально важных решений:
1) Постановлением СМ СССР № 803-325сс «Вопросы Первого главного управления при СМ СССР» была изменена структура ПГУ и произошло объединение Технического и Инженерно-технического советов Специального комитета в единый Научно-технический совет (НТС) в составе ПГУ, председателем которого был назначен генерал-полковник Б.Л. Ванников, а его заместителями стали И.В. Курчатов и М.Г. Первухин.
2) Постановлением СМ СССР № 805-327сс «Вопросы Лаборатории № 2» входивший в её состав сектор № 6 был преобразован в Конструкторское бюро (КБ) № 11 при Лаборатории № 2 АН СССР по разработке конструкции и изготовлению опытных образцов атомных бомб, получивших кодовое наименование «реактивных двигателей». Это же Постановление предусматривало размещение КБ-11 в посёлке (позднее городе) Сэров Удмуртской АССР (затем Горьковской области), который также получил кодовое наименование «Арзамас-16». Начальником КБ-11 был назначен зам. министра транспортного машиностроения СССР генерал-лейтенант Павел Михайлович Зернов, а главным конструктором этого проекта стал член-корреспондент АН СССР Юлий Борисович Харитон. Строительство всех лабораторий и производственных объектов КБ-11, начатое весной 1947 г. на базе завода № 550 Министерства сельскохозяйственного машиностроения СССР, было возложено на специальную строительную организацию — Стройуправление № 880 НКВД СССР, которое возглавил подполковник А.С. Пономарёв.
Затем отдельным Постановлением Совета Министров СССР № 1286-525сс «О плане развёртывания работ КБ-11 при Лаборатории № 2 АН СССР» от 21 июня 1946 г. были определены первоочередные задачи КБ-11:
1) Создание под научным руководством Лаборатории № 2 (академик И.В. Курчатов) 10 атомных бомб, условно названных реактивными двигателями «С», в двух вариантах: РДС-1 — 5 бомб имплозивного типа с применением «тяжёлого топлива» (плутония-239), и РДС-2 — 5 бомб пушечного типа с применением «лёгкого топлива» (уран-235).
2) Все тактико-технические задания на изделия РДС-1 и РДС-2 должны быть разработаны уже к 1 июля 1946 г., а конструкции их главных узлов и компонентов — к 1 июля 1947 г. При этом плутониевая бомба РДС-1 должна быть готова к государственным испытаниям в наземном варианте к 1 января 1948 г. и в авиационном варианте — к 1 марта 1948 г., а урановая бомба РДС-2 должна быть представлена к аналогичным испытаниям в аналогичных вариантах — к 1 июня 1948 г. и к 1 января 1949 г.
При этом практически одновременно со строительством КБ-И (в том числе заводов № 1 и № 2) началось возведение и модернизация целого ряда других важнейших промышленных объектов по производству оружейного плутония, высокообогащённого урана и иных компонентов для атомной бомбы. Речь прежде всего идёт о строительстве завода № 817 в городе Озёрск (Челябинск-40) Челябинской области, кураторами которого по линии Спецкомитета были назначены И.В. Курчатов и М.Г. Первухин; завода № 813 в городе Новоуральск (Свердловск-45) Свердловской области, возведение которого курировали В.А. Малышев и И.К. Кикоин; завода № 814 в городе Северск (Томск-7) Томской области, за строительство которого отвечали Г.В. Алексеенко и Л.А. Арцимович; и завода № 752 в городе Кирово-Чепецк Кировской области, полное переоборудование которого курировали А.Г. Касаткин и М.О. Корнфельд.