Не менее важной задачей стала подготовка новых кадров для реализации атомного проекта. Поэтому уже в январе 1946 г. было подписано Постановление СНК СССР, на основании которого при МГУ был организован Институт физики атомного ядра (в открытых документах — НИИФ-2 МГУ), который возглавил академик Д.В. Скобельцын. С созданием этого института уже существовавшая кафедра радиоактивности и атомного ядра была преобразована в кафедру строения вещества, которую возглавил профессор С.Н. Вернов. Чуть позже, когда выпуск этой кафедры утроился, в начале 1949 г. она была преобразована в отделение строения вещества (отделение ядерной физики) физфака МГУ уже в составе пяти научных подразделений: кафедры физики атомного ядра (Д.И. Блохинцев), кафедры ускорителей (В.И. Векслер), кафедры нейтронной физики и радиоактивных излучений (И.М. Франк), кафедры ядерной спектроскопии (Л.В. Грошев) и кафедры космических лучей (С.Н. Вернов). Заведующим отделением был назначен тот же академик Д.В. Скобельцын.
Затем в декабре 1946 г. во исполнение специального Постановления Совета Министров СССР «О мероприятиях по подготовке высококвалифицированных специалистов по важнейшим разделам современной физики», подписанного лично И.В. Сталиным, в составе МГУ был создан новый физико-технический факультет, основой для которого послужила Высшая физико-техническая школа СССР, созданная по решению союзного правительства ещё в начале марте 1946 г. Как известно, главные инициаторы этого проекта — академики П.Л. Капица, Л.Д. Ландау, Н.Н. Семёнов и С.А. Христианович — задумывали эту школу как отдельное подразделение Академии Наук СССР, не входившую в систему Министерства высшего образования СССР, которое только что возглавил С.В. Кафтанов. Однако в середине 1946 г., когда П.Л. Капица из-за конфликта с Л.П. Берией попал в опалу и был отстранён от руководства Институтом физических проблем АН СССР, эта школа получила статус факультета МГУ, где стали преподавать сам П.Л. Капица и его именитые коллеги — академики М.А. Лаврентьев, Л.Д. Ландау, Г.С. Ландсберг, М.А. Леонтович, Е.М. Лифшиц, С.Л. Соболев, С.М. Никольский, И.Г. Петровский и другие. Деканом этого факультета стал профессор Д.Ю. Панов, а непосредственным куратором новоявленный проректор МГУ по спецвопросам академик С.А. Христианович.
Понятно, что такая ситуация была явно ненормальная и временная. Сосуществование двух физических факультетов в одном и том же вузе с разными системами приёма и обучения, но готовивших подчас одних и тех же специалистов, рано или поздно надо было как-то разрешать. Поэтому летом 1951 г. физико-технический факультет МГУ был упразднён и переформатирован в самостоятельный вуз — Московский физико-технический институт, первым ректором которого стал генерал-лейтенант авиации Иван Фёдорович Петров, в личном разговоре убедивший И.В. Сталина создать этот легендарный вуз.
Параллельно с созданием атомной бомбы развернулись широкомасштабные работы по созданию новой отрасли советского ВПК — ракетостроения, поскольку решающая роль в возможной будущей войне отводилась не только ядерным боеприпасам, но и самым надёжным средствам их доставки к намеченным целям. Поэтому уже 13 мая 1946 г. вышло очередное Постановление Совета Министров СССР № 1017-419сс «Вопросы реактивного вооружения», в соответствии с которым создавался Специальный комитет по реактивной технике (2-й спецкомитет), который возглавил секретарь ЦК ВКП(б) Георгий Максимилианович Маленков. В состав этого комитета вошли министр вооружений СССР генерал-полковник Дмитрий Фёдорович Устинов (зам. председателя), министр промышленности средств связи СССР Иван Герасимович Зубович (зам. председателя), министр сельскохозяйственного машиностроения СССР Пётр Николаевич Горемыкин, заместитель министра внутренних дел СССР генерал-полковник Иван Александрович Серов, начальник Главного артиллерийского управления (ГАУ) Министерства Вооружённых сил СССР маршал артиллерии Николай Дмитриевич Яковлев, заместитель председателя Совета по радиолокации вице-адмирал А.И. Берг, начальник Управления оборонной промышленности Госплана СССР генерал-майор Пётр Иванович Кирпичников и заместитель уполномоченного Особого комитета при Совете Министров СССР Наум Эммануилович Носовский. В этом же Постановлении было чётко указано:
1) Установить, что работы, выполняемые министерствами и ведомствами по реактивному вооружению, контролируются Специальным комитетом по реактивной технике. Никакие учреждения, организации и лица без особого разрешения Совета Министров не имеют права вмешиваться или требовать справки о работах по реактивному вооружению.
2) Обязать Специальный комитет по реактивной технике представить на утверждение председателю Совета Министров СССР план научно-исследовательских и опытных работ на 1946–1948 гг., определить как первоочередную задачу — воспроизведение с применением отечественных материалов ракет типа ФАУ-2 (дальнобойной управляемой ракеты) и Вассерфаль (зенитной управляемой ракеты).