Владения султана, как в Европе, так и в Азии, должны были стать Османским содружеством наций, сильным и достаточно единым, чтобы противостоять новым внешним угрозам, и вместе с тем достаточно гибким внутри, чтобы гарантировать интересы и верность различных народов и религий. Суть его внутренней политики, обеспечившей дальнейшее существование империи в XIX и XX веках, заключалась в учреждении новых принципов гражданского управления, нацеленных на постепенное разделение институтов государства и религии.
Когда Махмуд избавился от янычар, основной целью его деятельности стала военная реформа. Султан стремительно продвигался вперед в деле формирования своей новой армии. Вместо должности «ага янычар» он учредил должность сераскера, тем самым возродив звание, присуждавшееся в прошлом армейским военачальникам. Теперь сераскер должен был сочетать обязанности главнокомандующего и военного министра, неся особую ответственность за новые вооруженные силы. Он также унаследовал от аги ответственность за общественную безопасность, включая полицейские обязанности в Стамбуле. Поддержание и расширение полицейской системы стало одной из его основных обязанностей. Для армии новый свод законов предусматривал численность основного ядра в двенадцать тысяч человек, размещаемых в столице, тогда как остальные подразделения формировались для провинций. Все рекруты должны были служить двенадцать лет.
Чтобы завершить свои военные реформы, создав эффективную и надежную армию, Махмуду нужна была десятилетняя мирная передышка. Это хорошо понимали русские, увидев в султане твердого правителя, обладающего силой и энергией, которых так долго не хватало его предшественникам. В основном в надежде задушить военную реформу в зародыше и разгромить армию турок, прежде чем она превратится в закаленную силу, царь спровоцировал недавнюю войну, приведшую к крушению планов султана и Адрианопольскому договору.
Теперь, когда договор был подписан, Махмуд посвятил себя активной боевой подготовке и вооружению новой армии, тем более что он имел основания опасаться стычки с Мехмедом Али, пашой Египта, собственные модернизированные вооруженные силы которого являли ему столь яркий пример. Действительно, именно своему вассалу султан Махмуд отправил в 1826 году первую просьбу о помощи в виде двенадцати опытных инструкторов. Когда Мехмед Али отказал ему, султан обратил свои взоры к Европе. Но Франция была скомпрометирована в глазах турок ее симпатиями к греческим инсургентам, а позже — поддержкой Мехмеда Али. Британия тоже не внушала доверия из-за своих филэллинских симпатий, и в 1834 году султан отклонил предложение лорда Пальмерстона прислать группу офицеров для обучения его войск. Но позже, когда несколько турецких кадетов отправились в Вулвич, три британских офицера были посланы в Стамбул в качестве советников по вопросам реорганизации армии. За ними в 1838 году последовала военно-морская миссия. Но достигли все они немногого, отчасти из-за собственных обид на пренебрежительное отношение к ним турок.
В конце концов оказалось, что требованиям султана отвечали пруссаки. Они явились в лице юного лейтенанта Гельмута фон Мольтке, который произвел на султана благоприятное впечатление, и он назначил лейтенанта советником по вопросам обороны империи, а также боевой подготовке и организации войск. Между Турцией, Пруссией и Австрией имел место обмен кадетами и офицерами, положивший начало германской традиции в турецких вооруженных силах, которая преобладала, но далеко не всегда принося удачу, в XX веке. Но на самого Мольтке Махмуд II не произвел особого впечатления. Он нашел, что султан уступает Петру Великому, и был оскорблен недостаточным уважением турецких офицеров к иностранным военным советникам. «Полковники, — писал он, — уступают нам первенство, офицеры еще остаются достаточно вежливыми, но обычные люди уже не приветствуют нас, а женщины и дети время от времени осыпают нас бранью. Солдат подчиняется, но не отдает честь». Среди турок всех сословий презрение к гяурам отмирало очень медленно. Тем временем управление сераскера, или главнокомандующего, превращалось в могущественное военное министерство, поддерживавшее сильный централизованный контроль над вооруженными силами Османской империи. Оно сохранило этот контроль и в следующем веке.