Говорили, что, когда Бекет сошел на берег в Сануидже, встретили его враждебно. Также сообщалось, что вскоре он пересек Англию верхом, в сопровождении отряда рыцарей. Подтвердить или опровергнуть эти истории не представляется возможным. Лишь об одном событии можно говорить с уверенностью. Перед тем как отправиться в плавание через Ла-Манш, Бекет отлучил от церкви архиепископа Йоркского и других епископов, присутствовавших на коронации восемь месяцев назад.
Существовала латинская пословица «Ira principis mors est», что означает: «Гнев короля — это смерть». Бекету предстояло доказать справедливость этого изречения. Когда новости об отлучении от церкви дошли до Генриха, ему сказали, что не будет ему ни места, ни покоя в Англии, пока архиепископ жив. То, как театрально и злопамятно Бекет обошелся с архиепископом Йоркским, казалось, подтверждает это. Бекет был человеком, который лопался от гордости и ощущения собственной правоты.
Возможно, король никогда и не говорил тех слов, которые ему приписывают: «Неужели нет никого, кто освободил бы меня от этого мятежного попа?» Но смысл высказывания Генриха они передают достаточно точно. Четыре рыцаря поймали короля на слове. Оставив двор Генриха на севере Франции, они каждый разной дорогой отправились к Ла-Маншу. Заранее договорившись, дворяне встретились в замке Солтвуд в графстве Кент, неподалеку от Кентербери. Оттуда они поскакали в собор.
Бекет занимался делами во внутренних помещениях, и, когда рыцари вошли, он спокойно поздоровался с ними. Их намерения тем не менее не были ясны, возможно, даже им самим. Есть признаки того, что они хотели арестовать архиепископа или заставить его снова покинуть страну. Но по ходу дела их одолел гнев. Они начали оскорблять Бекета и угрожать ему; он спорил с ними и не испугался их враждебного поведения. Он прошел в собор, чтобы послушать вечерню. Монахи хотели запереть двери, но архиепископ им этого не позволил. Один из монахов, который был с ним в этот момент, Вильгельм Фицстефен, рассказывал, что Бекет мог бежать в любой момент. Вокруг него были темные коридоры и продуваемые всеми ветрами каменные лестницы; он мог спрятаться в крипте. Но архиепископ стоял в церкви и готовился к службе.
Четверо рыцарей распахнули дверь и ворвались вслед за ним с оружием в руках. Один из них плашмя ударил Бекета мечом по плечу, крикнув: «Попался! Теперь ты мертв!» Они попытались вытащить его из собора, но он сопротивлялся. Архиепископ был ранен в голову и упал на колени. Еще один удар снес ему верхнюю часть черепа. Убийцы добили Бекета там, где он лежал.
В смерти Бекет воистину восторжествовал. Лидеры христианского мира искренне ужаснулись убийством архиепископа в его соборе; с этим могло сравниться только убийство самого папы. Король знал, что теперь весь мир будет злословить по его поводу. Он удалился в свои покои и три дня отказывался от еды и питья. В свою очередь, враги обдумывали достойную месть. Король Франции Людовик VII заявил, что «человек, применивший насилие к своей матери [Церкви], восстает против всего человечества… Такая беспрецедентная жестокость требует беспрецедентного воздаяния. Пусть меч святого Петра отомстит за мученика из Кентербери». Бекет уже был увенчан венцом великомученика, хотя канонизировали его только через три года.
Очень быстро вокруг места убийства вырос некий культ. Сразу же после смерти архиепископа некоторые его домашние и, возможно, даже какие-то люди из Кентербери поспешили в собор, они отрывали кусочки своей одежды и обмакивали их в кровь Бекета. Этой жидкостью они смазывали себе глаза. Рассказывали, что другие люди приносили сосуды, чтобы наполнить их кровью, сочащейся из мертвого тела. Такой была осязательная и подсознательная сторона средневековой набожности. Позже монахи из Кентербери организовали успешную торговлю «водой Бекета», в которой находилась капля его крови. Маленькие сосуды из оловянного сплава производились в больших количествах, каждый из них снабжался надписью на латинском: «Вся слабость и вся боль уйдут, исцеленный будет пить и есть, а зло и смерть исчезнут». Если такого чудесного исцеления не происходило, то все тут же соглашались, что этому страдающему мужчине или мучающейся женщине не хватает благочестия. После того как была воздвигнута усыпальница Бекета, к ней в больших количествах начали приходить паломники. «Кентерберийские рассказы» Чосера посвящены как раз им.