Его вдова Ирина Симоновна благотворила соседней Никольской церкви: она построила колокольню над воротами, и ее иждивением в церковь был отдан двухсотпудовый колокол «…в вечное поминовение по мужу своем Иакове Аверкиевиче, а в схимонасех Иове, и по родителех ево Аверкии убиенном и Евфимии и их сродниках при сей церкви лежащих».
Современный облик палат сложился к началу XVIII в., когда ими владел дьяк Оружейной палаты А.Ф. Курбатов (второй муж Ирины Кирилловой). Тогда дом претерпел большие изменения: вместо верхнего деревянного жилого этажа построен каменный, а фасад старого дома переделан в модном после возвращения Петра из первого путешествия в Европу стиле. Хотя известный историк искусства И.Э. Грабарь и утверждал, что новый фасад имеет много общего с фасадом церкви Святого Михаила в бельгийском городе Левене (1666 г., архитектор Виллем Хесиус), но в музее, который находится в церкви, где подробно рассказывается об истории ее постройки, я смог убедиться, сходства тут немного – левенская церковь значительно богаче по декоративной обработке, второй этаж совершенно другой, и можно лишь говорить об общей композиции. Таких фасадов, которые появились еще в предыдущее столетие, довольно много в Западной Европе.
Автор переделок палат неизвестен, хотя и делаются предположения об участии либо Михаила Чоглокова, либо Ивана Зарудного. Весьма вероятно, что перестройкой руководил Д. Трезини, который сразу же после приезда в Россию был определен в ведомство Курбатова, возможно также, что автором был архитектор Доменико Фонтана.
В 1712–1739 гг. усадьбой владел «иностранной коллегии асессор Петр Васильевич Курбатов», а после него, как выморочное имущество, она переходит в казну, и с того времени в главном доме располагаются самые разные учреждения. Тут находилась камер-коллегия, которая ведала казенными доходами, корчемная канцелярия, боровшаяся с нелегальными производством и продажей водки (в ее бытность там была устроена «для содержания колодников тюрма и около оной с одной стороны бревенчатый острог»), межевая канцелярия, на которую было возложено определение границ земельных владений, канцелярия конфискации, занимавшаяся конфискованным имуществом, разрядный архив, в котором хранились родословные росписи и разрядные книги, московская казенная палата, ведавшая финансовыми делами Московской губернии, и, наконец, почти весь XIX в. тут была сенатская курьерская команда, почему в Москве дом обычно назывался «Курьерским».
С 1870 г. началась новая жизнь старинных палат: их заняло Московское археологическое общество, добровольная организация ревнителей национального наследия не только в Москве, но и по всей России. В числе более чем 500 его членов были не только археологи, но и архитекторы и исследователи истории архитектуры И.П. Машков, К.М. Быковский и Ф.Ф. Горностаев, историки М.П. Погодин, В.О. Ключевский и С.М. Соловьев, художники И.С. Остроухов и А.М. Васнецов, писатели П.И. Мельников-Печерский, Д.Н. Мамин-Сибиряк, А.Ф. Вельтман и др. Много лет общество работало под руководством известных археологов и организаторов исторических исследований супругов А.С. и П.С. Уваровых. Алексей Сергеевич Уваров был сыном известного деятеля николаевского царствования Сергея Семеновича, долгие годы министра просвещения, создателя знаменитой формулы «православие, самодержавие и народность», предлагаемой им в качестве основы для образования и воспитания молодежи. Он занимался изучением классических древностей и собрал великолепную коллекцию предметов искусства в подмосковном имении «Поречье». Сын его получил прекрасное образование, увлекся археологией, занимался раскопками. Он, а после кончины его жена Прасковья Сергеевна, урожденная княжна Щербатова, стояли у истоков образования Московского археологического общества.
Общество отреставрировало обветшавшие палаты: тогда снесли позднейшие пристройки, расписали в духе старой живописи сводчатую палату, где происходили заседания общества.