Славная и плодотворная деятельность общества была прервана советской властью в 1923 г., и с тех пор старый дом на Берсеневской набережной занимали разные организации: на втором этаже помещались центральные реставрационные мастерские, а на первом этаже Институт по изучению языков и этнических культур Северного Кавказа. Сюда в 1930 г. приходил поэт О.Э. Мандельштам, задумавший поездку в Армению и намеревавшийся познакомиться с древнеармянским языком. Естественно, что попытка овладеть сложнейшим языком с налету закончилась ничем, но нам осталось описание его посещения в путевых заметках «Путешествие в Армению», написанных в 1931–1932 гг.: «Институт народов Востока помещается на Берсеневской набережной, рядом с пирамидальным Домом Правительства. Чуть подальше промышлял перевозчик, взимая три копейки за переправу и окуная по самые уключины в воду перегруженную свою ладью. Воздух на набережной Москвы-реки тягучий и мучнистый. Ко мне вышел скучающий молодой армянин. Среди яфетических книг с колючими шрифтами существовала так же, как русская бабочка-капустница в библиотеке кактусов, белокурая девица. Мой любительский приход никого не порадовал. Просьба о помощи в изучении древнеармянского языка не тронула сердца этих людей, из которых женщина к тому же и не владела ключом познания… Мне уже становилось скучно, и я все чаще поглядывал на кусок заглохшего сада в окне, когда в библиотеку вошел пожилой человек с деспотическими манерами и величавой осанкой». Ашот Ованесьян, о котором вспоминал Мандельштам, был крупным историком и партийным деятелем, работавшим тогда в институте.
После перевода института и закрытия реставрационных мастерских в палатах были квартиры, а после разгрома краеведческого движения здесь в 1932 г. создали Институт методов краеведческой работы, разрабатывавший, в частности, «социалистические» экспозиционные планы для музеев.
В 1940—1960-х гг. институт работал над общими вопросами музееведения, затем начал подготовку «Свода памятников истории и культуры» и получил новое название – Научно-исследовательский институт культуры, а уже в наше время стал Институтом культурологии.
У здания палат находится церковь Святого Николая Чудотворца на Берсеневке, которая образует с ними прекрасный ансамбль (они ранее соединялись переходом на арках). Когда тут впервые возникла церковь, точно неизвестно. Впервые упоминание о ней встречается в окладной книге, датируемой ноябрем 1624 г.: «Церковь великаго Чудотворца Николы, что за Берсенею решеткою, по окладу дани одиннадцать алтын две деньги платилъ поп Викула». В некоторых работах утверждалось, что именно тут находилась Никольская церковь, основываясь на летописной записи 1475 г.: «Того же месяца [июля] 10 в 1 час дне загореся за рекою на Москве близ церкви святаго Николы, зовомой Борисова, и погоре дворов много, и церковь та сгоре», однако местоположение храма из этого известия установить не удается. Сообщалось также о существовании в этом месте в XIV–XV вв. Никольского «на Болоте» монастыря, где мог быть заключен митрополит Филипп, обвинявший царя Ивана Грозного в жестокостях и казнях. В житии митрополита говорится о том, что его заключили в Никольский монастырь на берегу Москвы-реки, где каждый день собирались толпы москвичей, рассказывающих друг другу о святости Филиппа. Таких монастырей было два – в Перерве и в Замоскворечье. В Перерву ходить для ежедневных манифестаций было далеко, и весьма вероятно, что это все происходило в Замоскворечье.
Именовалась церковь «Великий чудотворец Никола за Берсеневою решеткою», но называлась и «в Верхних Садовниках», и «в Берсеневских Садовниках», просто «в Берсеневке» или «за Берсенею решеткою», а иногда «в Берсеневе решетке».
Каменное здание на месте старого деревянного было построено, возможно, в 1656–1657 гг.; главный алтарь был Троицким, а придел – Никольским. В 1694 г. был освящен придел Казанской иконы Богородицы (вместо Никольского, который восстановили в 1755 г.).
Хотя и было известно, что здание церкви возведено «по обещанию приходских и разных посторонних [чинов] людей», но весьма вероятно, что в основном строил новое каменное здание Аверкий Кириллов, самый богатый и уважаемый прихожанин; он же отдал два земельных участка, перешедшие к нему от братьев, под расширение церковного кладбища, а стоявшие на них избы передал для житья церковников; в 1657 г. он же пожертвовал церкви золотой напрестольный крест.
Нарядное здание увенчано горкой кокошников и пятью главами на высоких барабанах, обвитых неким подобием перевязанных шнуров. Самым представительным является северный фасад, выходящий к реке. Он украшен изразцами с изображениями двуглавых орлов, возможно использованными для церкви «государевым садовником» Аверкием Кирилловым.
В 1775 г. к храму пристроили новую трапезную, перестроенную после пожара 1812 г. в модном стиле ампир, который вопиющим образом не подходит к старинному зданию церкви.