В войне 1805 г. с французами Сенявин опирался на Бокка-ди-Каттаро (Котор) на Адриатическом побережье. В связи с этим походом Сенявина Е.П. Кудрявцева пишет так: «За время плавания экспедиции в политической жизни Европы произошли важные изменения. Поражение держав коалиции при Аустерлице в декабре 1805 г. произвело гнетущее впечатление на Александра I, и уже 14 декабря он отправил в Адриатику приказ о возвращении в Россию эскадры и сухопутных войск, базирующихся на островах. Этот документ достиг берегов Средиземного моря лишь 27 марта 1806 г. и привел Сенявина в полное недоумение. По мнению советского исследователя Е.В. Тарле, русский флотоводец положил высочайшее повеление «под сукно». На наш взгляд, более аргументированной выглядит точка зрения A.M. Станиславской, доказавшей, что, несомненно обладая большой самостоятельностью в принятии решений, Сенявин все же был склонен выполнить приказ, прибывший из Петербурга. Однако командующий войсками в Неаполе Б.П. Ласси получил распоряжение об отмене предыдущего повеления вернуть русские войска из Неаполя и Корфу в Россию. Сенявин ждал аналогичного распоряжения относительно морских сил, но оно задерживалось. Адмирал взял на себя ответственность, не подчинившись первоначальному приказу. В результате таких действий русским силам удалось удержать Котор. В дальнейшем принятые Сенявиным решения получили одобрение Александра I. 23 мая (4 июня) император подписал распоряжение на имя адмирала, где говорилось: «…я побуждаюсь отменить повеление мое от 14 декабря минувшего года о возвращении Вашем со вверенными управлению Вашему судами к черноморским портам, предписывая сим остаться в Средиземном море и в Адриатике». Всего к началу 1806 г. в Средиземном море находилось 10 русских линейных кораблей, 5 фрегатов, 11 бригов и 12 канонерских лодок. Корпус сухопутных войск составлял 10 200 пехотинцев и артиллеристов. В начале августа из черноморских портов на Корфу прибыли фрегат и свыше 10 наемных судов с провиантом, а в сентябре – еще 11 судов с материалами и продовольствием». Согласно французским данным, в Каттаро «…русский адмирал получал ежедневно подкрепления, сухопутные войска прибывали с о. Корфу под начальством генерала Попандопуло». Около 19 сентября уже для самого генерал-майора Попандопуло, воевавшего на Адриатическом побережье, прибыло подкрепление с Корфу в составе 2 батальонов и 4 рот.
В августе 1806 г. с Балтики вышла в помощь Сенявину эскадра капитан-командора И.А. Игнатьева (5 линкоров, фрегат, корвет, 2 вспомогательных судна). Что же он застал на Средиземном море 1 января 1807 г.? Русско-турецкую войну!
Охлаждение началось уже в 1806 г., когда турки под нажимом Наполеона надумали приостановить активное движение русских судов в проливах (они «держали нос по ветру», теперь ведь Бонапарт был победителем, а царь Александр – проигравшим). Вместе с тем французы имели намерение через турецкую территорию появиться у Днестра. Русские перешли Днестр и вступили в Молдавию и Валахию – так в ноябре 1806 г. началась Русско-турецкая война.