Великий магистр приказал всем поститься и молиться в преддверии нападения. Латинский архиепископ Леонард и греческий митрополит Климент вместе подбодряли бойцов и жителей, показывая пример единства латинян и греков перед лицом врага.
Первые 30 судов турок напали на Кос, но были отбиты с потерями орденским правителем острова Прижаном де Биду, сен-жильским великим приором. От пленных он узнал, что флот готовится к нападению на Родос, и попросил разрешения магистра присоединиться со своими силами к нему, чтоб быть полезным в обороне Родоса. Магистр, зная его способности, разрешил прибыть на Родос и вверил ему (вместе с бальи Моноском) все артиллерийские батареи. Также был эвакуирован гарнизон с Нисироса.
Наконец началось нашествие. Сам султан пока не спешил высаживаться на Родос. Главнокомандующим турецкими силами был назначен Лала Мустафа-паша, молодой ярый фанатик, происходивший из рода знаменосца пророка Мохаммеда; его подручным был знаменитый морской разбойник Курдоглу (Фонтанус титулует его Архипиратом), давний враг ордена, получивший по этому случаю от султана звание адмирала. Также при войске находится первый визирь Пери-Мехмед-паша, он же Пиррус, старый воспитатель молодого султана. 24 июня орден торжественно отметил праздник Св. Иоанна Крестителя – можно представить, сколь грустным и возвышенным было это торжество, последнее в жизни для многих его участников, а уже 26-го числа турки приплыли к Родосу. В виду неприятеля был дан роскошный военный парад, возглавляемый магистром в золоченых доспехах, а вся крепость украшена флагами… Переправы и высадки длились 13 дней без каких-либо боевых действий. Далее состоялся военный совет, на котором турки хотели было напасть на Родос и Линдос одновременно, однако восторжествовало мнение Пери-паши не терять напрасно драгоценное время и обратить все усилия на столицу, ибо паша резонно предположил, что с падением столицы сдадутся и прочие замки. Мустафа-паша поддержал его. Началось рытье траншей, возведение осадных батарей и обстрел города Родоса. Рыцари делали вылазки, разрушая плоды их трудов, но все немедленно начиналось заново. Успешен был и артиллерийский огонь иоаннитов, разрывавший на куски турок в траншеях. Турки, и в том числе янычары, начали роптать, тем более что налицо были проблемы с пропитанием (л’Иль-Адан повторил тактику выжженной земли д’Обюссона, и продовольствие враги могли получать только морем, с малоазийского побережья). Досталось и молодому Мустафе, про которого поговаривали, что он мало что понимает в военном деле, будучи воспитан в удовольствиях сераля. Пери-паша, осознав всю угрозу, отписал Сулейману о необходимости его личного присутствия на Родосе – и тот решил прибыть на остров лично во главе отряда в 15 000 человек. Магистр Филипп узнал обо всем этом благодаря дерзкому предприятию одного трапезундского моряка, служившего ордену. Подобрав 7–8 молодых греков из своих знакомых, они обрились и оделись на турецкий манер, нагрузили суденышко арбузами, огурцами и иными фруктами, ночью выплыли из родосской гавани, вышли в море, а на рассвете пристали к Родосу, словно приплыв с малоазийского берега, и вместе с прочими торговцами, среди которых тоже было много греков, разложили свой товар для турецкой армии и заодно все выведали, да еще, распродав овощи, вышли в море, увезя обманом двоих турок. Их отправили на допрос к сен-жильскому приору де Биду и инженеру Мартиненго. Турок завели на колокольню церкви Св. Иоанна, и они оттуда показывали христианам, где какая часть войска располагается.