Хитрые турки решили воспользоваться смутой на Родосе и основательно приготовились к вторжению. В 1318 г. они потерпели поражение от родосцев. В 1319 г. отряд из 80 турецких судов был разбит иоаннитами у Хиоса. В 1320 г. флот турок (также из 80 судов) напал на Родос, но был блестяще отбит родосскими рыцарями и поддержавшими их генуэзцами. Иоанниты имели в деле против магометан 24 корабля, а их союзники – всего 6, зато одних пленных они забрали 5000 – это был высаженный на один из близрасположенных островов десант. Угроза дальнейших пиратских действий турок заставила сблизиться даже врагов – 6 сентября 1332 г. на Родосе было подписано соглашение о создании общего постоянно действующего в течение 5 лет антитурецкого флота из 10 византийских, 6 венецианских и 4 родосских галер. В 1334 г. флот состоял уже из 46 кораблей – 10 родосских, 10 венецианских, 6 византийских, 6 кипрских и 14 французских и папских. В 1335 г. состав флота был следующим: 32 корабля, из них 6 родосских, 10 венецианских, 6 византийских, 6 кипрских и 4 неаполитанских. В 1343 г. общий флот состоял из 20 галер – 6 родосских, 5 венецианских, 4 кипрских, одной с Наксоса и 4 папских (статистика приведена по книге С. Торра «Rhodes in modern times»). Год спустя этот соединенный флот отбил у сельджукского эмира Умур-паши нижнюю крепость важного города-порта Смирны на малоазийском побережье Эгейского моря. Дэвид Николл во второй части своего труда «Knight Hospitaller» приводит свидетельство турецкого очевидца действий иоаннитов при Смирне (пер. с англ. –
Преемник папы Климента Иннокентий Шестой (1282 или 1295–1362 гг., на кафедре с 1352 г.) во время правления Великого магистра Пьера де Корнейяна (1353–1355 гг.) оказал серьезное давление на орден, чтобы тот «переехал» в Смирну и оттуда начал победоносное отвоевание у турок Малой Азии, однако ничего из этого не вышло. Следующей видной победой иоаннитов в составе антитурецкой флотилии стал разгром османов при Дарданеллах в 1359 г., где те незадолго до того объявились. Да, победы иоаннитов на море были фактом, с которым не могли не считаться ни враги, ни союзники, всегда готовые сами обратиться во врагов.
Объяснить морские успехи рыцарей можно разными факторами. Галеры иоаннитов, будучи гребными судами, не зависели от ветра, были быстры и маневренны. Есть данные, что рыцари применяли знаменитый греческий огонь, горевший даже на воде. Наконец, фактически именно иоаннитам принадлежит честь создания еще в 1522–1524 гг. (когда орден уже лишился Родоса) первого в истории броненосца: они обшили борта своего большого шестипалубного корабля «Святая Анна» свинцовыми плитами и сделали его практически неуязвимым для врага. Две из шести палуб этой карраки были пушечными; всего на судне было 50 больших и множество малых пушек; корабль имел 4 мачты, водоизмещение – 3000 тонн, арсенал амуниции для 100 рыцарей и 500 простых воинов, запас провизии на полгода, хлебопекарню, а также рощицу из кипарисов и цитрусовых деревьев для отдохновения Великого магистра. Корабль строился за границей, в Ницце, поэтому остался в распоряжении ордена, и в мальтийский период его истории считался сильнейшим боевым судном Средиземноморья.