Обращало на себя внимание резкое отличие картины электоральных предпочтений петербуржцев в отношении президентских выборов от той, которая наблюдалась на выборах в Думу. Это касалось прежде всего рейтинга Г. Зюганова как представителя КПРФ, которая заняла 17 декабря в Санкт-Петербурге второе место — 13,2 процента. То же можно было отнести к рейтингу Б. Ельцина, если условно считать его представителем партии власти — НДР, которая заняла на выборах в Думу третье место — 12,8 процента. Рейтинг С. Федорова оказался значительно выше рейтинга его партии — пятое место, 6,5 процента. В отличие от этих претендентов, рейтинг Г. Явлинского в точности соответствовал рейтингу «Яблока» — первое место на выборах в Думу, 16 процентов, что свидетельствовало о четкой идентификации этого кандидата с возглавляемым им политическим движением.
13 июня Санкт-Петербург посетил с кратковременным предвыборным визитом Б. Ельцин, хотя его приезд ожидали в мае. Как позже выяснилось, президент хотел знать результаты выборов губернатора Петербурга. Везде, где побывал глава государства, он давал понять, что хорошо осведомлен о наболевших проблемах города, и обещал оказать помощь в их решении.
Уже в конце июня на имя губернатора Санкт-Петербурга и председателя законодательного собрания и полномочного представителя президента РФ в Санкт-Петербурге поступила письменная информация от руководителя администрации президента РФ Н. Егорова о ходе выполнения поручений Б. Ельцина по итогам его поездки в Петербург. Сообщалось, что под личный контроль президента взят ход строительства атомного ледокола «50 лет Победы». Приняты меры по срочному погашению задолженности за выполненные работы. К 1 июля правительство должно было проработать вопрос освобождения от таможенных платежей ввоза медицинского оборудования для реконструкции лечебно-профилактических учреждений Петербурга. Рассматривался вопрос о сохранении федерального статуса ГТРК «Петербург — 5-й канал» с обеспечением соответствующего финансирования. В соответствии с запросом общественности города на ближайшее время было запланировано рассмотрение вопроса о придании государственной киностудии «Ленфильм» статуса особо ценного объекта национального достояния.
Голоса в первом туре распределились следующим образом. За Б. Ельцина в Петербурге подали свои голоса 49,9 процента населения (по России — 35,2 процента); за Г. Явлинского соответственно 15, 16 и 7,33; за Г. Зюганова — 14,96 и 31,96; за А. Лебедя — 14,04 и 14,49; за В. Жириновского — 2,15 и 5,69; за С. Федорова — 1,11 и 0,92; за М. Горбачева — 0,77 и 0,51; за М. Шаккума — 0,29 и 0,36; за Ю. Власова — 0,28 и 0,2; за В. Брынцалова — 0,18 и 0,16 процента.
Если сравнивать результаты президентских выборов с парламентскими выборами 1995 года в городе, то можно отметить, что за Г. Зюганова проголосовали на 33962 избирателя больше, чем за КПРФ в декабре 1995 года. Однако этот прирост был меньше, чем количество голосов, отданных в декабре за блок «Коммунисты — Трудовая Россия — За Советский Союз» (85055).
За Г. Явлинского проголосовали на 14775 избирателей меньше, чем за «Яблоко» в декабре. Отмечалось, что этот отток голосов (несомненно, главным образом в пользу Б. Ельцина) не был столь велик, если учесть массированную пропаганду против Г. Явлинского и замалчивание его позиции в городских и федеральных СМИ. В сознание избирателей усиленно внедрялась идея об отсутствии у него шансов выйти во второй тур, из чего якобы следовало, что голосование за него означало увеличение шансов Г. Зюганова или В. Жириновского.
Коммунисты и штаб Б. Ельцина выставили самое большое количество наблюдателей на избирательных участках в первом туре — около 3 тысяч. Примерно в два раза их было меньше от Г. Явлинского и М. Горбачева, еще меньше — от А. Лебедя.