1 февраля 1999 года Ю. Скуратов направил Б. Ельцину письмо с просьбой освободить его от занимаемой должности по состоянию здоровья. Накануне Ю. Скуратов встречался с главой администрации президента Н. Бордюжей, который сказал ему о наличии компрометирующей Генпрокурора видеозаписи и настоятельно попросил «добровольно» уйти в отставку.
2 февраля Ю. Скуратов был помещен в Центральную клиническую больницу. В тот же день президент направил в Совет Федерации письмо с предложением освободить Ю. Скуратова от должности Генпрокурора «по состоянию здоровья». Сенаторы отказались рассматривать отставку Ю. Скуратова в его отсутствие.
22 февраля Ю. Скуратов выписался из ЦКБ и ушел в отпуск.
9 марта он появился в Генпрокуратуре.
16 марта видеокассета с компроматом на Ю. Скуратова появилась в Совете безопасности и в Госдуме.
Первый пик кульминации — голосование в Совете Федерации 17 марта 1999 года.
Принятое тогда подавляющим большинством голосов (142 из 151) решение Совета Федерации отклонить отставку Генерального прокурора Ю. Скуратова «по состоянию здоровья» стало временной развязкой интриги, закрученной окружением Б. Ельцина вокруг этой фигуры, и одновременно послужило прелюдией к новому, куда более крупному витку политического скандала.
То, что запутанная ситуация вокруг Ю. Скуратова не имела ничего общего с его самочувствием, было хорошо известно. В этом смысле решение Совета Федерации лишь подтвердило, что весь вопрос с отставкой Генерального прокурора был больше политическим, чем юридическим.
Неожиданным стало даже не поведение на заседании Совета Федерации самого Ю. Скуратова. Его считали неконфронтационным человеком, который якобы смирился с отставкой ради личного благополучия под угрозой публичной компрометации и был готов принять на выбор сделанные ему конфиденциально предложения о трудоустройстве. Гораздо более сенсационной и значительной оказалась степень единодушия сенаторов, которые, по существу, предприняли коллективный демарш и «дали отбор» Б. Ельцину и его ближайшему окружению.
Это свидетельствовало о том, что Ю. Скуратов заранее знал о зревшем открытом вызове большинства членов Совета Федерации президенту, что и помогло ему преодолеть нерешительность и рассказать о давлении высокопоставленных лиц на него лично и Генпрокуратуру в целом.
Хотя конкретных имен Ю. Скуратов не назвал, что было предусмотрительным проявлением осторожности с его стороны, ряд фактов финансовых злоупотреблений олигархов и высокопоставленных должностных лиц были известны Федеральному собранию и ранее из материалов Счетной палаты и Генеральной прокуратуры, а также думской Комиссии по борьбе с коррупцией. В числе фигурантов расследуемых дел и проверяемых сведений к тому времени находились, в частности, В. Черномырдин, Е. Гайдар, А. Чубайс, Б. Федоров, С. Кириенко, П. Авен, А. Кох, А. Вавилов, С. Дубинин, С. Алексашенко, Б. Березовский.
Однако в кулуарах Федерального собрания высказывалось мнение, что Ю. Скуратов окончательно попал в немилость Кремля тогда, когда ход расследований опасно близко подвел его к финансовым делам ближайшего окружения президента и его семьи. Катализатором нажима на Генпрокурора и применения к нему методов шантажа послужил Б. Березовский.
Федеральный прокурор Швейцарии Карла дель Понте еще в конце февраля 1999 года лично предупредила председателя Госдумы Г. Селезнева и министра внутренних дел С. Степашина о надуманности причин прошения Ю. Скуратова об отставке, заявив, что он «единственный человек из России, с которым нам удалось найти общий язык».
Ее позиция отражала мнение влиятельных финансовых и политических кругов на Западе, которые устали от вкладывания огромных финансовых средств в «черную дыру», через которую деньги не получали целевого использования в России, а возвращались за рубеж и оседали на частных банковских счетах российских предпринимателей и коррумпированных госслужащих высокого ранга.
Толчком к добровольно-принудительному отрешению от должности Ю. Скуратова президентом в начале февраля 1999 года стали сведения о том, что швейцарские правоохранительные органы в ответ на обращение Генпрокурора. России активизировали расследование сомнительных финансовых операций с участием российских граждан. Особенно взбудоражило Кремль сообщение о личном участии Карлы дель Понте, что было беспрецедентно для практики федерального, прокурора, в проведении в январе обыска в швейцарской компании «Мабетекс», с которой поддерживало тесные отношения и осуществило ряд крупных сделок возглавляемое П. Бородиным управление делами администрации президента.
В результате голосования 17 марта в Совете Федерации по Ю. Скуратову произошло то, чего даже нельзя было предположить.
Премьер Е. Примаков получил в ряды борцов против коррумпированного президентского окружения мощную фигуру Ю. Скуратова. На стороне премьера оказался и Совет Федерации, вставший в некую оппозицию мнению президента. И наконец, в один строй с премьером невольно попал защищавший позиции Ю. Скуратова мэр Москвы.