Многие полагали, что прокурорские работники, видевшие для себя перспективы работы и после ухода Б. Ельцина, не намерены были бросать прямой вызов ему и ближайшему президентскому окружению, однако встали на путь защиты своих корпоративных интересов
28 апреля в Совете Федерации состоялось первое заседание рабочей группы спецкомиссии по проблемам борьбы с коррупцией, возглавляемой вице-спикером О. Королевым. По поручению верхней палаты группа начала разбираться с материалами против Ю. Скуратова и ближайших членов президентского окружения. В ее составе были сенаторы, входившие в комитеты верхней палаты парламента по законодательству и безопасности.
После первомайских праздников состоялось еще одно заседание, на которое приглашались, в частности, Ю. Скуратов и и. о. Генпрокурора Ю. Чайка. Администрация президента и ФСБ были представлены заместителями их руководителей А. Логиновым и Н. Патрушевым.
Между тем распоряжением Ю. Чайки на другой участок работы был переведен зам. Генерального прокурора — начальник следственного управления Генпрокуратуры М. Катышев, в чьих руках сосредоточивался основной объем информации по проводимым расследованиям в рамках дел о коррупции. Средства массовой информации не исключали здесь и политической подоплеки с учетом того, что М. Катышев входил в команду Ю. Скуратова и поддерживал отношения с главой думского комитета по безопасности В. Илюхиным. Именно М. Катышев подвергался, в частности, ранее наиболее резким нападкам со стороны Б. Березовского после возбуждения уголовных дел против него и его окружения.
Эксперты обращали внимание и на то, что голосование в Совете Федерации показало возможность формирования общего антиельцинского фронта. В условиях, когда левопатриотическая оппозиция могла рассчитывать в Совете Федерации всего на 40 с небольшим голосов, тот факт, что против отставки Ю. Скуратова высказалось 79 членов верхней палаты, означало, по мнению названных экспертов, что среди них оказались и сторонники Ю. Лужкова, и сторонники Е. Примакова.
Неудачам президентской стороны способствовали и ее явные промахи в правовом поле, а эмоциональное восприятие проблемы сослужило плохую службу советникам президента. Как явная ошибка расценивалось и отстранение надзирающего, военного прокурора генерала Ю. Баграева, который дал заключение о незаконности возбуждения уголовного дела против Ю. Скуратова.
По мнению экспертов, целесообразно было бы направить материалы по Ю. Скуратову в Совет Федерации с просьбой внимательно их изучить и решить вопрос о возможности его временного отстранения от должности. Подписание же президентского указа завело всю проблему в юридический тупик. Неудачными к тому же оказались и выступления в Совете Федерации представителей президентской стороны.
Очередная неудача президентской команды в деле Ю. Скуратова, по оценке думских экспертов левого толка, означала лишь дальнейшую дискредитацию президентской власти и необходимость для нее срочного поиска компромисса.
Возможный выход они видели в назначении на должность Генпрокурора Г. Пономарева (что предлагали и Е. Примаков, и сам Ю. Скуратов) и согласии президента с созданием Советом Федерации специальной комиссии по расследованию случаев коррупции, о которых говорил Ю. Скуратов, параллельно с его собственным делом. Любое другое решение, например, какие-то санкции против ряда членов Совета Федерации, а тем более силовые варианты, по их мнению, были гибельны для президентской власти.
В то же время они считали, что в случае назначения Генпрокурором человека Ю. Лужкова и начала работы специальной комиссии по наблюдению за расследованием президент не получил бы никакой гарантии, что Г. Пономарев не станет продолжать прежнюю скуратовскую линию «на компрометацию ближайшего окружения президента». Таким образом подобный компромисс вряд ли устроил бы президента.
Левые эксперты выражали убежденность: дальнейшие попытки Б. Ельцина настоять на своем, что следовало из первых же заявлений президентских советников сразу после объявления итогов голосования в Совете Федерации, приведут только к ухудшению ситуации.
Между тем и. о. Генпрокурора России Ю. Чайка 6 мая отказал в жалобе, которую направил начальник отдела по надзору Главной военной прокуратуры генерал-майор юстиции Ю. Баграев в связи с уголовным делом в отношении Ю. Скуратова. В ответном письме Ю. Чайка сообщил, что для прекращения дела против Ю. Скуратова нет оснований.