7 мая газета «Новые известия» сообщила, что в Москву из федеральной прокуратуры Швейцарии прибыли три специальных уведомления, адресованные высокопоставленным российским чиновникам (фамилии не раскрывались). В уведомлениях говорилось о том, что Берн намеревался передать в Москву сведения, интересовавшие Генпрокуратуру РФ в связи с расследованием дела «Мабетекс». Говорилось также о том, что в случае несогласия чиновники могут подать протест в швейцарский суд. По данным газеты, эти чиновники немедленно обратились в суд с ходатайством не передавать в Москву указанные материалы.
14 мая Московский суд приступил к рассмотрению жалобы Генпрокурора о незаконности возбуждения против него уголовного дела, а 17 мая удовлетворил ее. В тот же день Главная военная прокуратура опротестовала решение судьи, повторив свой протест от 25 мая.
26 мая консульская служба МИД РФ аннулировала выданный Ю. Скуратову общегражданский загранпаспорт, объявив его недействительным. Тем самым Ю. Скуратова не пустили в Швейцарию на ежегодную международную конференцию в Лугано по борьбе с коррупцией. Помощник главы думского комитета по безопасности Е. Чубанов заявил, что истинные виновники — «стоящие за сотрудниками ФСБ лица, опасающиеся встреч Ю. Скуратова с Карлой дель Понте».
Тем не менее противникам Ю. Скуратова удалось далеко не все. По сообщениям прессы, в Швейцарии работали два следователя по особо важным делам Генпрокуратуры РФ — Г. Чуглазов, расследовавший дело «Мабетекс», и Н. Волков, ведший дело «Аэрофлота». И именно после их возвращения многие ожидали в России новых скандалов
31 мая МИД России выдал Ю. Скуратову общегражданский загранпаспорт. А фирма «Мабетекс» официально потребовала от Карлы дель Понте немедленно приостановить любую помощь российской стороне по расследованию дела о злоупотреблениях в управлении делами президента РФ
Главная военная прокуратура продлила еще на два месяца следствие по уголовному делу Ю. Скуратова в связи с истечением 2 июня предусмотренного законом двухмесячного срока расследования уголовных дел.
2 июня уголовное дело в отношении Ю. Скуратова поступило в Верховный суд, который должен был рассмотреть его в течение месяца.
8 июня Ю. Скуратов заявил, что считает проблематичным свое возвращение на пост Генпрокурора
Временная комиссия Совета Федерации по изучению проблем борьбы с коррупцией провела три заседания, чтобы найти компромисс между Кремлем и Ю. Скуратовым. 9 мая комиссия подготовила два обращения: к Б. Ельцину и в Конституционный суд. В первом документе предлагалось как можно скорее «провести согласительные процедуры», так как прокурор «не находится в правовом поле»
Во втором — решить, кто вправе отстранить Генпрокурора.
10 июня стало известно, что на последнем заседании комиссии Совета Федерации по коррупции Ю. Скуратов представил новые данные, которые побудили сенаторов выйти к президенту с предложением о внесении поправок в закон о прокуратуре — фактически поставить Генпрокурора под надзор сената. Кроме того, временная сенатская комиссия по коррупции хотела стать постоянной. Более того, якобы готовился проект об усилении ее за счет Совета безопасности
В ожидании развязки этого дела, конца которому не было видно, аналитикам ничего не оставалось делать, кроме как давать оценки и прогнозы.
Большинство обозревателей сходилось во мнении: с учетом того, что Ю. Скуратов дал задний ход и опроверг «добровольность» своего прошения от 1 февраля и последующих реляций об отставке, в неприглядном свете выглядела позиция Б. Ельцина, подписавшего соответствующие документы. Были основания упрекать окружение президента по меньшей мере в попустительстве коррупции на государственном уровне, если не в прямой причастности к ней.
Многие аналитики предполагали: не было гарантий принятия Советом Федерации решения об отставке Ю. Скуратова. Администрация президента и лично Б. Ельцин получили серьезнейший удар, который свидетельствовал о нарушении равновесия в балансе различных ветвей в целом. Общество убедилось — президент не всесилен
На позицию сенаторов не могли не повлиять публично излагавшиеся еще до заседаний мнения таких личностей, как Ю. Лужков, М. Шаймиев, Д. Аяцков, Р. Аушев об отсутствии оснований для отставки Ю. Скуратова. Попытки Е. Строева после его встреч с Б. Ельциным превратить заслушивания Генпрокурора 17 марта и 21 апреля в формальную процедуру утверждения его отставки оказались безуспешными.