11 января 1999 года комиссия по импичменту продолжила рассмотрение последнего пункта обвинений — «о целенаправленных действиях по «десакрализации русского языка» и половой распущенности населения». На заседании комиссии 12 февраля члены комиссии приняли «в целом» заключение по пятому, последнему пункту обвинений депутатами главы государства — геноцид российского народа, в котором признали «обоснованным» выдвижение этого обвинения против Б. Ельцина. Таким образом, комиссия подготовила заключение по всем пяти пунктам обвинений парламентариями главы государства: подписание Беловежских соглашений, события сентября — октября 1993 года, чеченская война, развал армии и геноцид российского народа.
Комиссия по импичменту завершила свою работу 15 февраля 1999 года. Были подготовлены все пять заключений. Материалы комиссии внесены в думские комитеты и комиссии для рассмотрения, а также направлены в Кремль.
Решением комиссии по импичменту было определено, что решающее голосование состоится на внеочередном заседании Госдумы 15 апреля 1999 года.
В начале апреля 1999 года вышло официальное сообщение Центра общественных связей ФСБ России, в котором говорилось, что в выводах специальной комиссии по импичменту допущены существенные ошибки правового характера. Такое заключение, отмечалось в сообщении, сделано ФСБ на основе изучения и анализа подготовленных спецкомиссией официальных заключений об оценке обоснованности отдельных пунктов обвинения, выдвинутого против президента РФ по статьям Уголовного кодекса, отнесенных к компетенции следователей органов безопасности. Накануне в адрес председателей обеих палат Федерального собрания, председателя правительства РФ из ФСБ была направлена аналитическая записка, в которой говорилось о существенных ошибках правового характера, содержавшихся в подготовленных комиссией документах. В письме на имя Г. Селезнева была изложена просьба распространить указанную аналитическую справку среди депутатов.
12 апреля 1999 года во время совещания лидеры депутатских фракций и групп решили не рассматривать 15 апреля вопрос о вынесении импичмента президенту России и отодвинуть этот вопрос на неопределенный срок. Лидеры фракций НДР и ЛДПР В. Рыжков и В.Жириновский предложили отказаться от импичмента, подобную позицию занимало большинство членов группы «Российские регионы». Причина — намерение депутатов внести изменения и дополнения в регламент Думы.