Версия об убийстве Куйбышева выглядит правдоподобной еще и потому, что через три года, в 1938-м, расстреляли брата Валериана Куйбышева Николая, военачальника, командира корпуса, героя гражданской войны, награжденного четырьмя орденами Красного Знамени, трижды раненного в боях. В момент ареста он был командующим Закавказским военным округом. Его вызвали из Тбилиси в Москву и арестовали в дороге в поезде, ночью. 1 августа 1938 года во время допроса в Бутырской тюрьме Николая Куйбышева убили. По одной из версий его застрелил лично Лаврентий Берия, новый руководитель НКВД. Впрочем, в те годы репрессировали почти всех высших командиров Красной армии.
В том же 1938 году Сталин публично обвинил Ягоду и лечащих врачей советского правительства в убийствах Менжинского, Пешкова, Куйбышева и Горького. Троцкий пишет:
Казаков был в этом отношении особенно полезен, так как он, по словам доктора Левина, оперировал при помощи медикаментов, которые он сам изготовлял без всякого контроля в своей лаборатории, так что он один знал секрет своих инъекций […] Показания доктора Левина, 68-летнего старика, производило наиболее потрясающее впечатление. По его словам, он намеренно содействовал ускорению смерти Менжинского, Куйбышева и самого Максима Горького. Он действовал по требованию Ягоды, ибо боялся «истребления своей семьи». Горький представлял серьезную опасность. Он находился в переписке с европейскими писателями, его посещали иностранцы, ему жаловались обиженные, он формировал общественное мнение. Никак нельзя было заставить его молчать. Арестовать его, выслать, тем более расстрелять — было еще менее возможно. Мысль ускорить ликвидацию больного Горького «без пролития крови» через Ягоду должна была представиться при этих условиях хозяину Кремля как единственный выход. […]
В дни процесса, основной фон которого составляла ложь, обвинения, как и признания в отравлении старого и больного писателя, казались мне фантасмагорией. Позднейшая информация и более внимательный анализ обстоятельств заставили меня изменить эту оценку. Не все в процессах было ложью. Были отравленные и были отравители. Главный из них руководил по телефону судом. […] О недовольстве Горького, об его попытке вырваться за границу, об отказе Сталина в заграничном паспорте в Москве знали и шушукались. После смерти писателя сразу возникли подозрения, что Сталин слегка помог разрушительной силе природы.
Ягода возглавил госбезопасность после смерти Менжинского, в тот же день. Под него создали новую должность: Народный комиссар внутренних дел. И дополнительно — как отдельный наркомат — Главное управление государственной безопасности (ГУГБ), которое тоже возглавил Ягода. В 1935 году ему первому присвоили звание «Генеральный комиссар госбезопасности». Но 26 сентября 1936 года Ягода был снят со своих постов и назначен наркомом связи СССР. В январе 1937 года его подвинули и оттуда, затем — исключили из партии, подвергнув резкой критике на февральско-мартовском пленуме ЦК 1937 года.