По указанию Сталина информацию о создании в Крыму еврейской автономной республики довели к сведению не только Оппенгеймера и Эйнштейна, но и крупного американского ученого Кеймена, близкого Оппенгеймеру человека, с которым резидент советской разведки Хейфец сумел установить дружеские отношения. Помогла Хейфецу в этом его любовница Луиза Розенберг-Бранстон, которая способствовала личному знакомству Хейфеца с Оппенгеймером. Второй резидент советской разведки — Зарубин — действовал через генерального секретаря компартии США Эрла Браудера, так как Оппенгеймер негласно был членом американской компартии. Поскольку в эти годы в США активно велась разработка атомного оружия и во главе этого проекта стояли Эйнштейн и Оппенгеймер, близость к ним обеспечила советской разведке возможность вербовки агентов, имевших доступ к атомным секретам США. Впрочем, это были не единственные внедренные в окружение Эйнштейна и Оппенгеймера советские агенты, о чем мы расскажем чуть позже.
Однако с окончанием войны необходимость в существовании ЕАК для Сталина отпала. Непосредственного «куратора» ЕАК Лозовского в том же 1945 году уволили из советского МИДа. Летом 1946 года Отдел внешней политики (ОВП) ЦК ВКП(б) организовал проверку деятельности ЕАК, и по ее результатам заместитель начальника отдела Панюшкин заявил руководителям ЕАК Михоэлсу и Феферу о намерении закрыть организацию.
Это было плохим предзнаменованием, но на тот момент все ограничилось выводом ЕАК из структуры Совинформбюро и передачей ЕАК 1 августа 1946 года под прямой контроль ОВП. Казалось, гроза миновала.
Разумеется, Михоэлс и Фефер не знали, что 12 октября 1946 года МГБ направило в ЦК ВКП(б) и Совет министров СССР записку «О националистических проявлениях некоторых работников Еврейского антифашистского комитета», фактически приговорив лидеров ЕАК к смертной казни. Тем не менее Сталин медлил, поскольку открыто расправляться с известными еврейскими деятелями после поездки Михоэлса в США считал нецелесообразным. Только в конце 1947 года он дал указание Абакумову ликвидировать Михоэлса, причем провести операцию так, чтобы это выглядело как несчастный случай.
Для реализации плана убийства Михоэлса Абакумов создал специальную группу. В нее вошли заместитель министра госбезопасности СССР Сергей Огольцов, министр госбезопасности Белорусской ССР Лаврентий Цанава и начальник 2-го и 3-го отделов ВГУ Федор Шубняков. В ночь с 12 на 13 января 1948 года Михоэлс был убит в Минске вместе с находившимся с ним литератором Владимиром (Вольфом) Голубовым, завербованным агентом госбезопасности. Участников убийства наградили орденами. Внешне все выглядело как несчастный случай: грузовик наехал на пешеходов.
26 марта 1948 года министр госбезопасности Абакумов в докладной записке Сталину сообщил, что «руководители Еврейского антифашистского комитета, являясь активными националистами и ориентируясь на американцев, по существу проводят антисоветскую националистическую работу».
20 ноября 1948 года ЕАК был формально распущен решением Бюро Совета министров СССР и закрыт «как центр антисоветской пропаганды». В тот же день Политбюро ЦК ВКП(б) постановило: