22 ноября 1955 года Военная коллегия Верховного cуда СССР отменила приговор в отношении членов Еврейского антифашистского комитета «из-за отсутствия в их действиях состава преступления». А 29 декабря 1988 года Комиссия Политбюро ЦК КПСС, рассмотрев материалы, связанные с реабилитацией в судебном и партийном порядке лиц, проходивших по так называемому «делу Еврейского антифашистского комитета», признала его сфабрикованным, отметив, что следственных работников, расследовавших данное уголовное дело, осудили в 1952–1954 годах за фальсификацию следственных материалов.
Сталинскую расправу с ЕАК нельзя рассматривать в отрыве от истории образования государства Израиль, решение о создании которого приняла Генеральная Ассамблея ООН 17 мая 1948 года. Помощник Молотова Михаил Ветров несколько позже пересказывал высказывания Сталина по поводу создания государства Израиль:
Генеральная Ассамблея приняла решение о создании на территории подмандатной Великобритании Палестины двух государств — арабского и еврейского. «Теперь мира здесь не будет», — сказал Сталин, узнав о результатах голосования. И действительно, в тот же день войска арабских стран — Ирака, Египта, Иордании и Сирии — объявили Израилю войну.
С началом этой войны Советский Союз через Чехословакию и Югославию стал направлять в Израиль ощутимую военную помощь, в том числе самолеты, артиллерию, различное стрелковое оружие. Основная часть поставок состояла из трофейного оружия, полученного СССР после поражения Германии.
Однако с образованием Израиля Сталин столкнулся с неожиданной для него проблемой: активизацией советских евреев. Ее апогей совпал с прибытием в СССР 11 сентября 1948 года израильской миссии во главе с послом Израиля в СССР Голдой Мейер и восторженной реакцией еврейской общественности Москвы, искренне считавшей, что их восторг и энтузиазм поддерживается советским правительством, только что проголосовавшим в ООН за создание Израиля.
Уже 21 сентября «Правда» опубликовала статью известного советского писателя Ильи Эренбурга о том, что евреям, живущим в Советском Союзе, незачем ехать в Израиль, так как они ассимилированы в стране своего проживания. После этого последовали и роспуск ЕАК с арестом всех его руководителей, и аресты еврейской советской интеллигенции, и кампания по борьбе с «космополитизмом», в которую вовлекли все партийное руководство того времени.
Хрущев, например, в бытность его первым секретарем Московского областного комитета КПСС, в 1950 году принимал активное участие в расследовании дела «сионистов» на московском заводе ЗИС. Директора завода Лихачева Хрущев допрашивал лично. Он обвинил его в утрате бдительности, покровительстве «сионистам» и в продвижении евреев на руководящие должности: «Такая линия директора привела к созданию на заводе шпионской сионистской организации», — заявил тогда Хрущев.
Всего в ходе расследования «дела сионистов» на ЗИСе арестовали 48 человек, 9 из которых приговорили к расстрелу. В числе арестованных оказалась сестра высокопоставленного генерала советской разведки Наума Эйтингона Соня.