Но аресты начались уже через месяц. В декабре 1948 года арестовали председателя ЕАК Ицика Фефера и директора Еврейского театра в Москве Вениамина Зускина. В начале 1949 года репрессировали уже несколько десятков членов ЕАК, в том числе все его руководство. Их обвинили в «связях с еврейскими националистическими организациями Америки».
18 января 1949 года в тюрьму бросили снятого ранее с должности руководителя Совинформбюро и исключенного затем из членов ЦК и компартии Лозовского. В обвинительном заключении по его делу отмечалось:
В начале 1949 года в Советском Союзе по указанию Сталина начали широкомасштабную кампанию по «борьбе с космополитизмом», в ходе которой звучали обвинения в адрес советских евреев об отсутствии у них советского патриотизма. Кампания сопровождалась массовыми увольнениями евреев и их уголовными преследованиями. В этот период арестовали цвет еврейской творческой и научной элиты СССР — 217 еврейских писателей, 108 актеров, 87 художников и 19 музыкантов. Маркиш записал в те дни: «Гитлер хотел разрушить нас физически, Сталин хочет сделать это духовно».
Судебное дело в отношении ЕАК рассматривала Военная коллегия Верховного суда СССР под председательством генерал-лейтенанта юстиции А. Чепцова. Закрытые заседания начались 30 апреля 1952 года. В тот же день преемник Абакумова на посту министра госбезопасности Семен Игнатьев в письме Сталину назвал арестованных членов ЕАК «американскими шпионами».
18 июля 1952 года всех обвиняемых, кроме Лины Штерн и Соломона Брегмана (заместителя министра Госконтроля РСФСР), приговорили к смертной казни. Штерн приговорили к 3,5 года лагерей с последующей 5-летней ссылкой. А Брегман 16 июня 1952 года во время суда был помещен в бессознательном состоянии в санчасть Бутырской тюрьмы, где он и умер 23 января 1953 года.
12 августа 1952 года приговор привели в исполнение. Расстреляли 13 членов ЕАК: