В его обязанности в период опалы Ельцина входила не только физическая охрана будущего президента, но и отслеживание его контактов. Очевидно, что Юмашев Коржакова полностью устраивал и основой его расположения к Юмашеву был факт состояния ретивого журналиста в агентурной сети КГБ (где к Горбачёву было крайне неприязненное отношение). Коржаков мог и имел право в любой момент пресечь контакты Юмашева с Ельциным. Но, поддерживая проект Юмашева, Коржаков действовал в русле позиции КГБ, пытавшегося устранить Горбачёва, как генсека партии и главу государства, при первой возможности.
После избрания Ельцина 26 марта 1989 года народным депутатом СССР по национально-территориальному округу № 1 (город Москва), где он получил 91,53 % голосов москвичей при явке в почти 90 %, Юмашев приступил к новому «ельцинскому проекту»: написанию первых мемуаров Ельцина360.
Таким образом, к 19 августа 1991 года к Ельцину от КГБ был приставлен в качестве охранника — Коржаков, а в качестве биографа — Юмашев. Вполне возможно, что с августа 1991 года именно Коржаков, узурпировавший доступ к Ельцину, стал куратором Юмашева по линии госбезопасности (поскольку именно Коржаков, как начальник охраны, отвечал за «доступ к телу» Ельцина и исключительно от Коржакова зависело, кого примет, а кого не примет Ельцин). Но со временем Юмашев перерос своего куратора, что в агентурной деятельности тех лет случалось часто.
Знакомство с Ельциным кардинально изменило и судьбу Коржакова. После августовского путча и ухода Михаила Горбачева последовала радикальная перестройка в системе КГБ. Огромную организацию расчленили на различные самостоятельные ведомства. На базе 9-го и 15-го Управлений КГБ, ведавших охраной первых лиц государства, партийной номенклатуры и членов их семей, а также охраной особо важных государственных объектов, создали Службу безопасности президента (СБП) во главе с личным телохранителем Ельцина Коржаковым и Главное управление охраны (ГУО) РФ, во главе которого в июне 1992 года Коржаков поставил своего приятеля генерала Михаила Барсукова, в августе 1991 года занимавшего должность заместителя коменданта Кремля (с 10 декабря — коменданта Кремля).
По терминологии 9-го Управления КГБ Коржаков был «прикрепленным». Так назывался офицер, отвечавший за личную охрану высших должностных лиц в государстве и партии. В период существования КГБ «девятка» традиционно держалась обособленно, в том числе и территориально, поскольку в основном ее подразделения располагались в Кремле. Сотрудники этой структуры и ее руководящий состав редко контактировали с представителями других оперативных подразделений центрального аппарата КГБ.
По характеру выполняемых задач 9-е Управление, несмотря на важность дела охраны первых лиц государства, относилось к числу вспомогательных подразделений. Сотрудники и руководящий состав этого управления уступали в оперативном мастерстве и кругозоре офицерам разведки и контрразведки, так как главной задачей «девятки» была физическая охрана определенной категории лиц и объектов. Кадровый «девяточник» Коржаков понимал, что подразделение охраны президента, даже такого своенравного, как Ельцин, является второстепенным. И он сделал все возможное, чтобы новая Служба получила статус федеральной структуры и подменила собой госбезопасность как ведомство. «Принято считать, что это [была] идея Бориса Ельцина, хотя это не так. Создать Службу как отдельную федеральную структуру пришло в голову мне, Ельцин лишь ее поддержал и законодательно оформил своим указом»361, — вспоминал Коржаков и, безусловно, говорил правду. Ельцину в голову такое прийти не могло.
Постепенно СПБ расширялась. Был создан отдел контрразведки — отдел «К». Также создали отдел «П», задачи которого Коржаков сформулировал следующим образом: «для контроля за министрами и прочей номенклатурной челядью». Но для удержания власти Коржакову необходимы были средства контроля за всеми, начиная непосредственно с «гаранта Конституции» Ельцина. Все кабинеты Кремля прослушивались подчиненными Коржакова. На приобретение за границей высококачественной аппаратуры слухового контроля, значительная часть которой была установлена именно в Кремле, потратили более 50 млн долларов. Газета «Комсомольская правда» в этой связи писала: