Трагические столкновения на основе национальной неприязни и действий силовых структур и армии по наведению порядка, приведшие несколько позже к массовой гибели людей в Сумгаите, Нагорном Карабахе, Баку, Тбилиси и Вильнюсе, являлись следствием деятельности именно 2-го отдела Управления «З», руководимого полковником Балевым, а на уровне управления — Бобковым, имевшим большой опыт подавления народных выступлений в прежние годы службы в Восточной Европе.
Если верить воспоминаниям Бобкова, уже в 1989 году он считал скорый распад СССР неизбежным:
Встреча Бобкова с оперативниками Прибалтийских республик состоялась уже после трагических событий в азербайджанском городе Сумгаит в феврале 1988 года, где произошли армянские погромы, отчасти спровоцированные этническими столкновениями между армянами и азербайджанцами, проживавшими на территории Армянской ССР. Часть азербайджанского населения Армении начала переселяться в Азербайджанскую ССР, в основном оседая в Сумгаите и Баку. Армянское население Сумгаита, спасаясь от погромов, устремилось на территорию Нагорного Карабаха, на присоединении которого к Армянской ССР настаивали националистически настроенные руководители армянского народа. Все это послужило катализатором острого политического кризиса в Азербайджанской ССР, где власть практически перешла к представителям Народного фронта Азербайджана.
В апреле 1988 года войска советской армии и спецподразделения КГБ были также применены при подавлении протестов в столице Грузинской ССР Тбилиси. Иными словами, беспорядки в Армении и Азербайджане не были изолированным явлением.
С августа 1989 по 13 сентября 1991 года председателем КГБ Азербайджанской ССР был Вагиф Гусейнов. Именно при нем 13–19 января 1990 года в Баку произошли армянские погромы, из-за которых 19–20 января 1990 года в столицу Азербайджана ввели части советской армии и спецподразделения КГБ.
В марте должны были состояться выборы в парламент Азербайджанской ССР, в ходе которых, без сомнений, победил бы Народный фронт Азербайджана (НФА). Армянские погромы в Баку были спровоцированы республиканским КГБ по наущению Бобкова для дальнейшей дестабилизации обстановки в республике, введения режима чрезвычайного положения в Баку и последующего ареста лидеров НФА.
В советские времена непосредственно председателю КГБ и его первому заместителю (Бобкову) подчинялась группа «А» («Альфа»), и Бобков принял решение использовать ее в Баку для подавления недовольства. Акцией по «наведению порядка» руководили Гусейнов и Бобков, прибывший в Баку за неделю до ввода в город войск. Как позднее признал маршал Дмитрий Язов, бывший в то время министром обороны СССР, целью использования войск было «разрушить структуры НФА и не допустить победы оппозиции». В заявлении Комиссии Верховного Совета Азербайджанской ССР по расследованию событий тех дней говорилось: