В ночь с 19 на 20 января 1990 года в городе Баку совершена страшная по своей жестокости преступная акция, приведшая к массовой гибели мирного населения […] В операции были задействованы крупные формирования сухопутных, военно-морских, военно-воздушных и воздушно-десантных войск Союза ССР, а также войск специального назначения КГБ и МВД СССР. Ввод указанных воинских частей и соединений в город Баку сопровождался антигуманными, жестокими действиями со стороны военнослужащих, жизни лишались все, кто попадал в поле зрения. Обстреливались жилые дома и медицинские учреждения, давились танками машины «скорой помощи», проезжавшие мимо и стоявшие на обочине автомобили, добивались раненые, расстреливались медицинские работники при оказании неотложной помощи на местах. По предварительным данным, на сегодняшний день убито 168, ранено и получило телесные повреждения 715 мирных жителей, нет сведений о судьбе более 400 человек. В их числе женщины, старики и дети […] Многих смерть настигла в квартирах, подъездах домов, в автобусах и на рабочих местах. По сей день продолжают поступать сведения о новых жертвах и умирающих от ран. Погибло 28 и ранено более 80 военнослужащих, многие из которых пострадали от рук своих товарищей в результате несогласованных действий командования.
После распада СССР и прихода в Азербайджане к власти представителей Народного фронта Гусейнова арестовали и он находился под следствием по обвинению в организации взрыва в бакинском телецентре в феврале 1991 года. Некоторое время его содержали в следственном изоляторе. В 1993 году он был освобожден, в феврале 1994 года покинул Азербайджан и обосновался в Москве, где продолжил успешную карьеру у Бобкова.
В ночь с 12 на 13 января 1991 года «Альфу» по приказу Бобкова задействовали при штурме телебашни, удерживаемой восставшими литовцами в Вильнюсе. Операция не была спонтанной. В отчете группы «А» КГБ о ее подготовке указывалось:
7 января 1991 года сотрудники группы: заместитель начальника группы «А» подполковник Головатов М. В., начальник 4-го отделения майор Мирошниченко А. И., старший оперуполномоченный 1-го отделения капитан Орехов И. В. находились в командировке в г. Вильнюсе для проведения рекогносцировки и других подготовительных мероприятий по планированию чекистско-войсковой операции с участием сотрудников группы «А»364.
В результате операции погибли 15 человек, среди которых был офицер «Альфы» Виктор Шацких, сын начальника одного из отделов Следственного отдела КГБ полковника Владимира Шацких. 600 человек получили ранения разной тяжести. Бывший офицер «Альфы» Виктор Лутцев вспоминает: