В 90-х годах экономическое сотрудничество России со странами Ближнего Востока, за исключением Израиля, сократилось. В этот период Турция выдвинулась на первый план, и стороны убедились, что их экономики взаимодополняемые. Официальный товарооборот за тот же период вырос до 5 млрд долларов. Существенной стала «чемоданная» торговля. По оценкам, объем турецкого ширпотреба, поставляемого мелкими партиями, вырос до 5 млрд долларов в 2000 году, обеспечивая доходы десятков тысяч российских и турецких граждан. Российские туристы стали быстро «осваивать» турецкие курорты, и уже к концу 90-х годов российский туризм в Турцию стал массовым, а в нулевых годах вырос еще больше. Широкий размах приобрело турецкое подрядное строительство в России.
Все яснее высвечивались крупные совместные проекты. Растущая экономика Турции нуждалась в энергетических ресурсах, а Россия была энергоизбыточной страной.
В 90-х годах создавалась договорно-правовая база для взаимодействия и в экономической, и в политической областях.
В мае 1992 года между правительством Российской Федерации и правительством Турции было подписано соглашение о создании смешанной межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству, а спустя несколько дней договор об основах отношений Российской Федерации и Турецкой Республики. Стороны подтвердили намерение поддерживать и укреплять добрососедские отношения, сложившиеся исторически, а также содействовать стабильности в регионе.
В апреле 1994 года было подписано соглашение о сотрудничестве по военно-техническим вопросам и в области оборонной промышленности. Стороны договорились о военно-техническом сотрудничестве по ряду важных направлений, в том числе по подготовке кадров. Россия согласилась поставлять вертолеты в Турцию.
Последовали соглашения о культурном и научном сотрудничестве, о туризме, о таможенных делах.
В ходе визита главы российского правительства В. Черномырдина в Анкару в декабре 1997 года было подписано сразу семь межправительственных соглашений, договоров и протоколов. Среди них соглашение об избежании двойного налогообложения в отношении налогов на доходы, о поощрении и взаимной защите капиталовложений, о сотрудничестве в области энергетики и др.
Но главным, безусловно, было соглашение о поставках российского природного газа в Турецкую Республику через акваторию Черного моря. Были определены объемы природного газа, которые Россия обязалась поставить, а Турция — закупить: стороны наметили увеличение объемов с 0,5 млрд куб. м в 2000 году, до 16 млрд в 2007–2025 годах и договорились построить газопровод: Россия — на своей территории и по Черному морю, Турция — на сухопутной части своей территории. В ноябре 1999 года был определен маршрут газопровода «Голубой поток» — от поселка Изобильное в России до города Самсун в Турции.
В апреле 2000 года было заключено соглашение о сотрудничестве в охране морских пространств на Черном море.
Отношения России с Турцией развивались неровно. Политические разногласия нередко сталкивались с экономической логикой. Одним из объектов взаимного непонимания стал нефтепровод Баку — Тбилиси — Джейхан.
Откликаясь на призывы США и Западной Европы и надеясь получить дополнительные рычаги и доходы, Турция поддержала строительство этого нефтепровода, предназначенного для поставок нефти из региона Каспия в обход России. Это был политизированный трубопровод, который так и не стал работать на заявленную мощность.
Других пунктов разногласий и взаимных раздражений было немало. Москва осуждала турецкие вторжения в Северный Ирак, направленные против баз Рабочей партии Курдистана, руководившей вооруженной борьбой турецких курдов против центрального правительства. Не нравилось тогдашнее тесное сотрудничество Анкары и Тель-Авива. В Анкаре с раздражением воспринимали намерения России продать ракеты С-300 Кипру. По Боснии и Косову у Москвы и Анкары были разные позиции.
В армянско-азербайджанском конфликте Анкара, безусловно, была на стороне Баку. Москва призывала к политическому решению, как бы занимая объективистскую позицию, что интерпретировалось турками как «проармянский крен». Сотрудничество России и Армении действительно становилось все более тесным.