Федор рос в знатной и образованной по тому времени семье, получил хорошее образование. С семи лет он начал учиться грамоте. Став юношей, он освоил верховую езду и воинские упражнения. Его знатный, богатый отец, любимец великого князя, с ранних лет учил сына управлять большим хозяйством. К 26 годам Федор Колычев был хорошо образован, обучен военным и хозяйственным делам. Его представили великому князю Василию III, он произвел на него хорошее впечатление; запомнил его и великокняжеский малолетний сын Иван (будущий царь Иван Грозный). Перед Федором открылась блестящая военная и придворная карьера. Но вскоре великий князь умер, и его трехлетний сын Иван стал великим князем. Федор Колычев ощутил все придворные интриги, когда из-за малолетства великого князя фактически первую роль играла его мать – Елена Глинская. Большим влиянием пользовался ее фаворит князь И. Ф. Телепнев-Оболенский-Сабуров-Овчина и их сторонники, в числе которых не было и не могло быть представителей рода бояр Колычевых, воспитанных в строгих церковных и нравственных традициях. Когда был раскрыт придворный заговор против князя И. Ф. Телепнева-Оболенского-Сабурова-Овчины, среди пострадавших и казненных были родственники Федора Колычева. Ему и раньше не по душе были интриги и суета двора с его вечным противостоянием группировок в борьбе за власть, за влияние на первое лицо в государстве. Вот почему Федор Колычев без сожаления тайно покинул великокняжеский двор в 1537 г., когда ему было 30 лет.
Он решил постричься в монахи без огласки и отправился в Соловецкий монастырь. В монастыре он не открыл своего знатного имени. В монахи сразу не принимали (и не принимают). Более полутора лет длилось испытание, прежде чем его постригли в монашество с именем Филипп. Игумен Алексий неоднократно выделял его среди других монахов за трудолюбие, дисциплинированность, образованность, трезвую практическую хватку и смекалку в решении разных дел. Филипп не стремился к начальственному положению, знал, что проще подчиняться, чем руководить другими и брать на себя ответственность за них. По благословению игумена Алексия, после его кончины и 11-летнего служения в этом монастыре, а также по согласию с мнением монастырской братии 41-летний Филипп стал игуменом Соловецкой обители. Со временем это стало известным его состоятельным родственникам, и они стали выделять для монастыря ощутимые средства.
Св. Филипп, митрополит Московский