В 1566 г. 59-летний Филипп стал митрополитом Московским. Почти полтора года ему удавалось сдерживать гнев царя и ужасы опричнины. Но в 1567 г., после бегства князя Курбского в Литву, царь Иван Грозный воспылал новой усилившейся злобой на русские княжеские роды, позволил небывалую свободу в действиях своим опричникам. Вначале митрополит Филипп наедине с ним в личных беседах пытался склонить царя угомонить его опричников, призывал его быть милосердным ко всем его подданным, но царь не поддавался на уговоры. Затем в Успенском соборе в 1568 г. он открыто обличил действия царя и опричников, чем вызвал его ярость. Иван Грозный потребовал, чтобы митрополит Филипп не вмешивался в его дела или сложил с себя митрополичий сан. В другой раз, когда царь пришел в Успенский собор в Кремле с опричниками, одетыми в черные одежды, митрополит Филипп не дал царю благословения (хотя он трижды просил митрополита о благословении), стал стыдить его, упрекать за опричные казни, недостойное русского царя поведение. По указу царя в 1568 г. был собран церковный Собор, а фактически – лжесобор, главная цель которого была низложить митрополита Филиппа, лишить его сана. Все понимали лживость выдвинутых обвинений, очевидную клевету, но боялись гнева царя Ивана Грозного. Выслушав обвинения Собора, митрополит Московский даже оправдываться не стал, так очевидна была нелепость выдвинутых против него обвинений, но он сказал: «Государь! Ты думаешь, что я тебя боюсь или боюсь смерти? Нет, лучше быть неповинным мучеником, чем молча переживать ужасы беззакония». Только два человека пытались заступиться за митрополита – архиепископ Казанский Герман (которого после этого убили) и архиепископ Суздальский Елевферий.
В 1568 г., когда митрополит Филипп в Успенском соборе Московского Кремля совершал Божественную литургию, в собор ворвалась толпа опричников. Они прочли обвинительный акт и постановление Собора, сорвали с митрополита облачение и отвезли в Богоявленский монастырь. У монастыря митрополит Филипп с достоинством сошел с розвальней, обратился к людям с последним словом и благословил их. Святителя Филиппа приговорили к пожизненному заключению в темнице в цепях.