В 1591 г. сын Ивана Грозного – царь Федор Иванович, выделявшийся чрезвычайной набожностью и слабым здоровьем, распорядился перенести по просьбе братии Соловецкого монастыря останки митрополита Филиппа из тверского Отрочь Успенского монастыря в Соловецкий монастырь и перезахоронить их на том месте, где Владыка когда-то указывал (он ведь был игуменом этого монастыря). В 1648 г. митрополит Московский Филипп был причислен к лику российских святых. В 1652 г. по поручению царя Алексея Михайловича Романова тогда еще митрополит Новгородский Никон (позже Патриарх) перенес мощи Святителя из Соловецкого монастыря в Москву. У могилы Святителя было прочитано к нему, как к живому митрополиту Московскому Филиппу, послание от царя Алексея Михайловича Романова, который просил простить содеянное его предшественником – царем Иваном Грозным и вернуться в Москву. Так состоялось торжественное возвращение в Москву мощей митрополита Московского Филиппа. Мощи митрополита москвичи тожественно встретили еще на подходах к столице, на месте их встречи был воздвигнут крест, от которого появились названия Крестовская застава, Крестовский мост у современного Рижского вокзала в Москве. Мощи митрополита Московского Филиппа были торжественно перенесены в Успенский собор Московского Кремля, где они пребывают до наших дней.