В роли игумена огромного Соловецкого монастыря Филипп ярко проявил свой организаторский талант. Он понимал, что для благополучия монастыря и расширения помощи людям нужно, чтобы монастырь был благоустроенным и богатым. По инициативе Филиппа стали добывать железную руду и поваренную соль, соединили 52 озера в одно Святое озеро, которое стало обеспечивать монастырь питьевой водой, построили канал и на нем мельницы с уникальной, придуманной им технологией получения и просеивания муки, возвели кирпичный завод. Вместо маяков были установлены высокие кресты, монастырь окружили мощными гранитными стенами, в нем все деревянные строения заменили на каменные, построили больницу, гостиницу для паломников, пристань. Он организовал скотный двор, обеспечил разведение стада лапландских оленей, из шкур которых в созданной им мастерской стали шить одежду и обувь для монастырской братии. Учитывая уникальные климатические условия Соловецкого архипелага, он сильно развил огородное хозяйство при монастыре, что позволило улучшить питание монастырской братии. Благодаря деятельности игумена Филиппа Соловецкий монастырь стал богатейшим промышленным и культурным центром северного Поморья. В первой половине XVI в. Соловецкий монастырь осуществлял обширную торговлю, продавал собственную продукцию. Еще любопытнее были введенные им изменения в жизнь монастырских крестьян. Он способствовал благоустройству их быта, учил эффективным приемам ведения хозяйства, во главе монастырских крестьян поставил нанятое (платное) начальство, дал право крестьянам жаловаться на него. Он строго следил за дисциплиной, нравственностью монахов и монастырских крестьян.
Филипп поднял на небывалую ранее высоту чистоту духовной жизни, стремился придать обители еще большую красоту и величавость. При нем были построены два великолепных каменных собора – Успенский и Преображенский. Слава о созидательной деятельности настоятеля Соловецкого монастыря Филиппа, о существенном богатстве и красоте Соловецкой обители дошла до Москвы. В 1565 г. 35-летний царь Иван Грозный вызвал в Москву 58-летнего игумена Филиппа, чтобы возвести его в сан митрополита Московского. Святитель Филипп, выслушав пожелание царя принять сан митрополита Московского, особой радости не проявил и поставил предварительным условием своего избрания отмену опричнины. Царь и епископы все-таки отговорили его от этого условия, хотя оставили за будущим митрополитом право заступаться перед царем за невиновных и даже виновных, то есть право печаловаться.