По Зеегафену, переговоры с осажденными в замке горожанами и отрядом рыцарей и кнехтов вел бюргер Бартольд Вестерман от имени воеводы Π. П. Заболоцкого. И. Реннер пишет, что инициатива переговоров исходила от русской стороны, а посредником выступал фогт Нейшлосса. Русские предложили всем, кто хочет, покинуть город с имуществом, которое люди смогут унести в руках. Для тех, кто останется, царь обещает выстроить новые дома. Осажденные ответили: «Отдают только яблоки да ягоды, а не господские и княжеские дома». Дальнейшие переговоры выявили разницу менталитета: ливонцы утверждали, что нападение на Нарву незаконно, так как еще не закончились московские переговоры представителей ордена с Иваном IV. Заболоцкий в ответ сказал, что ему нет дела до переговоров, Нарву Бог наказал за грехи и дал ее в руки русским, и они не могут от этого отказаться.
По Ниенштедту, осажденные в замке защитники послали к коадъютору Г. Кетлеру, который был назначен орденом ответственным за оборону Нарвы. Но Кетлер встал лагерем в трех милях от крепости и ничего не предпринимал.[212]
Зеегафен описывает, что защитники спутали с рыцарями подходивший к Нарве отряд русских, и вспыхнувшая было надежда сменилась отчаянием. В цитадели было три бочки пива, немного ржаной муки, вволю сала и масла и пороху на полчаса стрельбы. С такими ресурсами сопротивляться было бесполезно. Начались переговоры о сдаче, ливонцы угрюмо наблюдали их завершение: русский воевода велел принести воды, при всех умылся и торжественно приложился к образу, с клятвой, что отпустит гарнизон замка и сдержит все данные обещания. Ночью начался исход из замка, к утру бывшие защитники Нарвы были в лагере Кетлера. Уцелевшие кнехты, рыцари, жители Нарвы, не пожелавшие оставаться с московитами, и отряд Кетлера ушли к Везенбергу. По Реннеру, русские работали день и ночь, укрепляя Нарву, в страхе, что ливонцы вернутся с подкреплением. Но никто и не пытался отвоевать Нарву…[213] В русских рассказах о взятии Нарвы центральное место занимает чудо, связанное с неопалимыми иконами — некий немец бросил в огонь православные иконы, и от этого поднялся пожар во всей Нарве. То есть ливонцы согрешили, и Бог их наказал, а православным явил чудо и дал в дар Нарву. Ливония же осмыслила потерю Нарвы в традиционных для европейского средневековья категориях. Рига нервно требовала защиты от «Возникла легенда об измене нарвских бургомистров — якобы Иоаким Крумгаузен, собираясь в Ивангород для переговоров с русскими, агитировал своих родственников поджечь город. С 11 мая в городе начались пожары, возможно, вызванные поджогами, которые никто не тушил. А когда Кетлер предложил прислать солдат для борьбы с огнем, второй бургомистр — Герман фон Мюлен отправил их назад со словами, что помощь не нужна. В результате, мол, и возник знаменитый крупный нарвский пожар, который привел к падению города.
После потери Нарвы в Ливонии стала популярной идея, что Нарва — источник богатства и экономического процветания русских, их прорыв на европейские рынки. Дальнейшие победы Ивана Грозного ливонцы были склонны считать следствием экономической помощи, которую царь получал от западных купцов через балтийскую торговлю. Уже Г. Кетлер писал императору Священной Римской империи, обращаясь с просьбой о помощи: «Нарва, которой владеют русские, это — глаз Ливонии, и ее необходимо отвоевать, ибо без Нарвы русские, лишившиеся главной опоры, не страшны». Француз Губерт Ланге писал Кальвину 26 августа 1558 г.: Иван IV взял Нарву, это самая удобная гавань на Балтийском море. Русский царь не успокоится, пока не упрочит свое могущество. «Если в Европе чье-либо могущество должно возвеличиваться, это будет Россия».[214]
Нарва получила от Ивана IV жалованную грамоту, подтверждавшую торговые привилегии горожан: «…вас государь пожалует, из домов из ваших не розведет и старины вашие и торгу у вас не порушит, а владеют царя государя воеводы Вышегородом и Ругодивом и всеми землями Ругодивскыми, как маистр и князець у вас владел» (под «князьцем» имеется в виду нарвский фогт). В Степенной книге акт принятия Нарвы в подданство трактуется как то, что Иван IV «милость показал и вину отдал и взял на свое имя».