Начавшаяся в 1524 г. Великая крестьянская война заставила князей забыть на время религиозные раздоры и сплотить силы для ее подавления. Разгром крестьянского революционного выступления предопределил наступление католической реакции, однако это побудило протестантские силы сплотиться, восстановить антигабсбургский союз. После длительной борьбы на Аугсбургском рейхстаге 1555 г. был заключен религиозный мир, предоставивший имперским чинам право выбирать вероисповедание. Население должно было следовать установленной властью вере или покинуть территорию князя (принцип «Чья страна, того и вера»). Аугсбургский религиозный мир санкционировал все церковные преобразования в протестантских княжествах и городах, в том числе и проведенную там секуляризацию церковной собственности.
Таким образом завершился и был санкционирован распад Германии на автономные земли. Территориальная раздробленность усугубилась конфессиональным расколом. Временное конфессионально-политическое равновесие, созданное религиозным миром, оказалось весьма неустойчивым.
В 1556 г. Карл V отрекся от престола; идея мировой габсбургской империи была похоронена. В Испании, сохранившей династические связи с Империей, с 1556 г. правила отдельная ветвь Габсбургов. В этих условиях император Фердинанд I (1556–1564), он же король Чехии и Венгрии (Северо-Западной) и австрийский эрцгерцог, пытался путем уступок протестантским князьям сохранить мир в Империи, укрепляя, однако, позиции католицизма в своих наследственных владениях и противодействуя распространению протестантизма в католической части Германии.
По мере успехов процесса территориализации в протестантских и католических княжествах менялось соотношение конфессионально-политических сил в Империи. Саксонский курфюрст присоединил во второй половине XVI в. епископства Мейсен, Наумбург и Мерзебург; курфюрст Бранденбургский — епископства Бранденбург, Гавельберг и Лебус, а в начале XVII в. епископство Хальберштадт и архиепископство Магдебург; население этих территорий принуждалось принять лютеранское вероисповедание, церковная собственность секуляризовалась. Католические баварские герцоги захватили епископства Фрейзинг, Хильдесхайм, Падерборн и Мюнстер и архиепископство Кельнское, склонявшееся к протестантизму.
В период правления императора Рудольфа II (1576–1612), воспитанного при католическом дворе Филиппа II Испанского и расположенного к иезуитам, во владениях и подвластных Габсбургам странах наступила католическая реакция. Политическая обстановка обострилась. Даже незначительные столкновения враждующих конфессиональных группировок готовы были вылиться в гражданско-религиозную войну. В 80-х годах XVI в. католическая реакция восторжествовала на всем северо-западе Германии.
Протестантские князья для защиты своих конфессионально-политических интересов основали в 1608 г. унию, главой которой избрали курфюрста Пфальцского Фридриха V. К унии присоединился ряд имперских городов Юго-Западной Германии. Под руководством Максимилиана Баварского на съезде в 1609 г. была основана Католическая лига. Тем самым Германия разделилась на два лагеря. В конечном счете внутриим-перские конфликты вылились в общеевропейскую войну. Территориально раздробленная и конфессионально разделенная Германия стала ареной соперничества централизованных европейских государств в ходе Тридцатилетней войны (см. ч. V, гл. 3). Завершивший войну Вестфальский мир 1648 г. санкционировал отторжение имперских территорий в пользу Франции и Швеции и изменил в ряде пунктов внутригерманские границы к выгоде наиболее могущественных территориальных князей и протестантского и католического вероисповедания.
Из протестантских княжеств наибольшие территориальные выгоды из войны извлекли Бранденбург и курфюршество Саксония. Бранденбург почти удвоил свою территорию, получив Восточную Померанию, Магдебург, Хальберштадт, Минден и Каммин. Курфюрст Саксонский закрепил за собой область Лаузиц (Лужица). Герцог Баварии приобрел Верхний Пфальц и титул курфюста. Восьмым курфюрстом был оставлен сын бывшего пфальцского курфюрста и «зимнего короля» Чехии Фридриха.
Вестфальский мир укрепил княжеское мелкодержавие в Германии. Имперские князья и другие имперские чины получили право на независимую внешнюю политику — заключение любых союзов с оговоркой, что эти союзы «не нанесут вреда императору и Империи». Германия на многие века оказалась разделенной на католический юг и протестантский север. Внутриполитическое положение Германии ни в коей степени не стабилизировалось, а ее внешняя безопасность не укрепилась. Внутри Империи решающую роль стали играть три наиболее могущественные владетельные дома — Габсбурги, Гогенцоллерны и баварские Виттельсбахи. Внешнее положение определялось позициями «гарантов мира» — Франции и Швеции. Владея имперскими территориями (Франция фактически еще с 1552 г.), обе державы имели своих представителей в рейхстаге и могли вмешиваться «законным образом» во внутренние дела Германии. Империя продолжала оставаться ареной европейских столкновений.