Незавершенность централизации сказалась на всей системе управления. На рубеже XV–XVI вв. испанские монархи были поставлены перед необходимостью наладить управление громадной империей, не обладавшей ни экономическим, ни политическим единством. Уже совмещение весьма отличных друг от друга систем управления Кастилии и Арагона пред-ставляло известные трудности. Управление итальянскими владениями (Милан, Неаполитанское королевство, Сицилия и Сардиния) и Нидерландами, а также колониальной империей было задачей еще более сложной. Неудивительно, что административная структура Испании, постепенно сложившаяся в конце XV–XVI в., отличалась значительной громоздкостью при недостаточной эффективности. Общие направления политики разрабатывал Государственный совет, высказывавший королю свои рекомендации по важнейшим вопросам. Для системы советов характерна известная двойственность. Одни советы — по делам Кастилии, Арагона, Наварры, Португалии, Италии, Фландрии, Индий — управляли определенными территориями, другие же — по финансовым и по военным вопросам, по делам инквизиции и военных орденов — выполняли узкие, подчас чисто технические функции, которые распространялись на всю территорию империи. Взаимодействие между советами почти отсутствовало, что создавало сложности в управлении. Руководство всей системой плохо удавалось даже Филиппу II — единственному из испанских Габсбургов, кто пытался лично контролировать все органы управления страной. В XVII в. для организации взаимодействия между советами создавались иногда специальные хунты, но и это не привело к успеху.
При каждом из советов действовал большой аппарат чиновников. Наиболее громоздкой была судебно-административная организация Кастилии. Важнейшими ее звеньями являлись апелляционные суды — канцелярии и аудиенсии. В организации исполнительной власти ведущую роль играл институт коррехидоров. Созданный еще в XIV в., он стал особенно важен для короны с конца XV в. Вся Кастилия была разделена на несколько десятков коррехидорств. Коррехидоры назначались королем на несколько лет и были наиболее действенным орудием королевской политики на локальном уровне, хотя им часто приходилось согласовывать свои действия с местными властями.
В колониях, как и в остальных некастильских владениях, исполнительная власть осуществлялась вице-королями или королевскими наместниками, обладавшими широкими полномочиями, хотя система аудиенсий и полученные от короля инструкции существенно их ограничивали.
Для успешной работы аппарата управления королевская власть нуждалась в многочисленных и хорошо подготовленных чиновниках. Этой цели служила широкая сеть университетов и коллегий, усовершенствованная в конце XV–XVI в.
Важнейшую роль в управлении страной играли летрадо — чиновники с юридическим или теологическим образованием. В период становления абсолютизма летрадо оказали энергичную поддержку королевской власти. В конце XV в. они сильно потеснили титулованную знать в делах управления, и в дальнейшем их роль оставалась очень большой. Юридическая профессия считалась «благородной», ее престиж был очень высок. Освобожденные от налогов, летрадо имели хорошие возможности увеличивать свои состояния, вкладывая накопленные богатства в торговые и кредитные операции, приобретение земель и государственных ценных бумаг. Короли жаловали чиновникам должности и пенсии, права на основание майоратов, идальгии и даже титулы. Ни одно другое занятие не предоставляло в это время таких возможностей для обогащения и социального продвижения. Оппозиция старинной аристократии по отношению к летрадо не препятствовала им заключать браки в ее среде и в конечном счете пополнять ее.