Одновременно с усилением королевской власти и ее аппарата управления происходит ослабление кортесов. В XVI–XVII вв. независимые друг от друга кортесы продолжают собираться, все менее регулярно, в Кастилии, Наварре, Арагоне, Каталонии и Валенсии. В Кастилии в конце XV — первой трети XVI в. они нередко созывались без депутатов от дворянства и духовенства, а податное сословие представляли лишь восемнадцать важнейших городов. Но и сами города к этому времени при внешней неизменности органов муниципального управления во многом утрачивают былое политическое влияние и автономию. Королевская власть, используя социальные противоречия в городах, все более вмешивается в их внутренние дела, чему способствовали и продажи ею муниципальных должностей. Постепенно многие функции городских советов переходят к представителям королевской власти. Решающей вехой в процессе ослабления городов, а тем самым и кортесов было поражение восстания комунерос. Когда на кортесах 1538 г. дворянство и духовенство выступили против введения одного из налогов, который распространялся и на них, король распустил кортесы и впредь приглашал на их очередные сессии только депутатов от городов. С этого времени кортесы все более становятся простым инструментом королевской власти для утверждения налогов и организации их сбора. При этом возможности кортесов сопротивляться монархам при вотировании налогов были очень ограниченными. Раскладка же утвержденных налогов в значительной мере передавалась в руки депутатов, тем самым получавших возможность отстаивать интересы городской верхушки крупнейших городов. Правда, кортесы не упускали случая выразить в многочисленных петициях свое недовольство многими сторонами королевской политики, но короли мало с этим считались.
В конце XV — начале XVI в. королевской власти удается покончить и со многими традиционными городскими вольностями, и с политической самостоятельностью знати. Вплоть до кризиса середины XVII в. недовольство некоторых аристократов политикой центральной власти не выходит за рамки обиды придворного, обделенного королевским фавором. На службе короля находился громадный аппарат чиновников. Однако знать, лишенная политической самостоятельности, но сохранившая экономическую мощь и влияние на локальном уровне, постепенно проникая в органы управления государством, в значительной мере поставила их на службу собственным интересам. Бюрократия на местах все более подчинялась всесильным сеньорам. Все невыгодные для них королевские приказы или вообще не принимались во внимание, или изменялись до неузнаваемости. Классический принцип испанской бюрократии этого времени — «повиноваться и не выполнять».
В таких условиях королевская власть стремилась создать бюрократию нового типа, свободную от сеньориальных связей. Однако достигнуть этого было нелегко: почти все важнейшие университеты и коллегии находились под патронатом знати. Попытки королевской власти реформировать коллегии встречали негласное, но упорное сопротивление. Вновь основанные коллегии, которые монархи хотели видеть независимыми от местных сеньоров, постепенно также выходили из-под королевского контроля. Сила знати в провинции была столь велика, что коррехидоры и даже вице-короли вынуждены были с ней считаться.
Давление дворянства в значительной мере определило и еще одну особенность испанского абсолютизма — его агрессивную внешнюю политику, особую роль в системе международных отношений, значимость опоры на внешние ресурсы. Американское серебро было для испанских Габсбургов важным источником доходов, каким не располагали монархи других стран. Используя ресурсы колоний и подчиненных ему наиболее экономически развитых стран и регионов Европы и стремясь сохранить их за собой, абсолютизм нуждался в первоклассной армии и создал ее. Испанское дворянство как нельзя более подходило для этого: подготовленные к военной агрессии всей предшествующей историей страны, дворяне, и прежде всего обедневшие идальго, часто не видели иных возможностей для карьеры. Численность армии, на содержание которой уходила немалая часть доходов от колоний и от европейских владений Испании, в XVI — первой половине XVII в. постоянно возрастала. Непрерывные войны поглощали тех, кто не мог найти себе занятия внутри страны, и обеспечивали значительной части дворян престиж и определенную долю доходов.