Наметившееся с формированием крепостничества ухудшение условий для хозяйственного развития городов не могло не сказаться и на их положении в политической структуре общества. Стал крайне затрудненным переход частновладельческих городов в состав городов королевских, пользовавшихся правом участия в политической деятельности, хотя и для них такие возможности резко сократились. В Польше происходит ограничение городского самоуправления за счет расширения компетенции старост — представителей государственной власти на местах — и создания нового высшего судебного органа для горожан — асессорского суда, состоящего из членов Королевского совета — сенаторов. С 1505 г. в Польше города лишились права участвовать в работе сейма.
Если этот акт из-за характерной для польских городов политической слабости прошел почти незаметно, то в австрийских землях и Чехии города выступали против попыток монархии ограничить их права, рассчитывая и на содействие части феодалов, опасавшихся за судьбу своих сословных привилегий. Такими были выступления городов и части дворянства против монарха Фердинанда Габсбурга в начале 20-х годов XVI в. в Австрии, в 1546–1547 гг. в Чехии. В конечном итоге и правители, и дворянство отказывали городам в праве на участие в политической жизни, рассматривая их как часть королевских владений, подобно частновладельческим городам в имениях магнатов. Этим определилось политическое поражение городов.
Широкое самоуправление Вены, являвшейся образцом для австрийских городов, было фактически ликвидировано в 1526 г.: состав магистрата назначал король, действия его контролировал королевский представитель. После 1547 г. прекращается широкое самоуправление чешских городов, их владения конфискуются, городское население разоружают. Верховной судебной инстанцией для городов стал апелляционный суд, состоявший из королевских чиновников. Лишь в Трансильванском княжестве города саксов продолжали играть самостоятельную роль, их представители вместе с венгерским дворянством и верхушкой секеев составляли три части государственного собрания Трансильвании.
Упадок политического значения городов сыграл большую роль в общей эволюции сословно-представительных монархий Центральной Европы. В Польше рядом законодательных актов была отменена монополия королевских городов на определенные виды торговли и производство товаров, в то же время была освобождена от уплаты пошлин продукция, произведенная в дворянских владениях. Одновременно дворяне получили возможность приобретать в городах недвижимость, а селившиеся на их городских землях подданные — право вести хозяйственную деятельность, не являясь членами цехов или гильдии. Основная тяжесть системы обложения падала на города. Органы власти на местах устанавливали цены на городских рынках в интересах феодалов. Аналогичная политика проводилась и в других центральноевропейских государствах. Так, в той части Венгерского королевства, которая в XVI в. оказалась под властью Габсбургов, с конца XVI в. также установилась практика таксации цен дворянскими собраниями округов. Принятые в 1647 г. законы не только предоставили дворянам право селиться в городе и занимать городские должности, но и освободили их от уплаты налогов в пользу города и от юрисдикции городских властей. В Чехии в XVI в. также были приняты законы, направленные на ликвидацию хозяйственных монополий королевских городов, а в 60-е годы XVI в. господская запашка была освобождена от налогов, а их основная тяжесть, как и в Польше возложена на города. Покровительство хозяйственной деятельности во владениях дворян шло в ущерб хозяйственной роли королевских городов.
Добиваясь политического подчинения городов, монархия не была заинтересована в подрыве их экономического положения, однако она была вынуждена пойти на удовлетворение требований дворянства. Политический упадок королевских городов не привел к превращению их в источник финансовых средств для монархии. Правители не могли облагать города налогами по своему усмотрению, это право оставалось за органами сословного представительства. Города искали сотрудничества с сословной оппозицией монархии: чешские — во второй половине XVI — начале XVII в., словацкие — в первой половине XVII в.
Изменения политических структур были общими для всего региона, но имелись и некоторые специфические различия.
В Чехии XVI век стал временем разорения мелкого дворянства и концентрации земли в руках немногочисленного слоя магнатов, сосредоточившего в своих руках все высшие должности. Широкие круги мелких и частично средних феодалов не были представлены в составе земского суда и не участвовали в работе снема, куда формально для принятия решений могли прибывать все феодалы. Малая политическая активность. свидетельствует о слабости позиций этих прослоек господствующего класса. Усиление аристократии происходило и в Венгерском королевстве. Однако подчинить себе полностью дворянские органы самоуправления магнатам не удалось.