Однако среднему дворянству не удалось полностью осуществить свою программу антимагнатских реформ. Процесс образования крупного землевладения, на время прерванный реформами, снова возобновился, но главным объектом экспансии стали не столько королевские, теперь «государственные», земли, которые можно было получить во временное держание, а земли мелкого и среднего дворянства, которое, разоряясь, шло на службу к магнатам. Изменению соотношения сил в общегосударственном масштабе способствовала Люблинская уния. Правда, это соглашение не меняло ни правовых норм, ни политического устройства обоих государств, но в Великом княжестве Литовском магнаты пользовались гораздо большим политическим влиянием, чем аристократия в Польше. Вхождение в состав общего сейма магнатов Великого княжества и находившихся под их влиянием дворянских послов не могло не ослабить позиций шляхты в этом органе верховной власти Речи Посполитой.
В последней четверти XVI в. во взаимоотношениях между государственной властью и дворянством все большее значение стал приобретать религиозный вопрос.
Распространение Реформации в странах Центральной Европы к середине XVI в. оказало существенное влияние не только на идейно-культурную, но и на политическую жизнь общества. Дворяне и города, принявшие новую религию, присваивали себе церковные имущества, заменяли католических священнослужителей протестантскими проповедниками, отказывались подчиняться церковной юрисдикции. Доходы и влияние духовного сословия в жизни общества упали. Для послегусистской Чехии в этом ничего нового не было, но в других центральноевропейских странах это привело к важным переменам. Протестантские церковные организации находились в полной зависимости от своих светских патронов. Для дворянского сословия реформация открывала возможность еще более упрочить свои позиции за счет прерогатив монархии, что нашло свое выражение, например, в выдвигавшихся на польских сеймах 1550-х годов проектах создания «национальной церкви», подчиненной сейму.
И Габсбургов и Ягеллонов все это побуждало стать на охрану католицизма. На практике в отношении дворянства соблюдалась почти полная веротерпимость, но монархия препятствовала легализации такого положения. К концу XVI в. в политике центральноевропейских монархий наметились тенденция к отказу от достигнутых договоренностей и переход к реставрации католицизма.
В Польше абсолютистские планы правительства и усиление влияния аристократии затрагивали интересы широких кругов дворянства. Особенно сильным было недовольство протестантского дворянства, которое обходили при раздаче должностей и принуждали восстанавливать в своих владениях католический культ. Дворяне-протестанты стали позднее наиболее активными руководителями оппозиции, которая в 1606–1607 гг. организовала «рокош» — массовое вооруженное выступление против правительства. Король Сигизмунд III одержал победу лишь благодаря поддержке обеспокоенных дворянским движением магнатов и ценой отказа от абсолютистских реформ. Процесс укрепления позиций знати более не встречал серьезных препятствий. Аристократия становилась независимой от центральной власти и подчиняла своему влиянию дворянскую массу; в стране постепенно складывалась власть магнатской олигархии.
Попытки Габсбургов проводить политику реставрации католицизма столкнулись с очень серьезными трудностями: например, в Чехии протестантизм был вероисповеданием подавляющего большинства не толькп крестьян и горожан, но и дворянства. Не имея возможности осуществить свою программу во всем государстве, Габсбурги пытались насадить католицизм прежде всего в городах, где были сформированы угодные монархии магистраты из представителей католического меньшинства. В итоге горожане габсбургских держав вступили на путь сотрудничества с протестантским дворянством против монархии. Политика насаждения католицизма силой привела к концу 1604 г. к восстанию сословий во главе с Иштваном Бочкаи, которое стало началом политического кризиса, охватившего все державы австрийских Габсбургов. Заключенные соглашения удовлетворили значительную часть требований протестантского дворянства. Резко активизировались связи между сословной оппозицией отдельных земель, что выразилось в совместных действиях моравских, венгерских и австрийских сословий в период кризиса и в тайном соглашении 1608 г. о военных действиях в случае возвращения Габсбургов к прежней политике.