Попытки императора Матвея, а затем его преемника Фердинанда II продолжать прежний курс привели к еще более серьезному политическому кризису, начавшемуся с выступления чешского протестантского дворянства в мае 1618 г. К концу 1619 г. в большинстве центральноевропейских владений Габсбургов власть перешла в руки сословных сеймов отдельных земель. Принятый генеральным сеймом земель Чешского королевства летом 1619 г. новый закон о государственном устройстве позволяет судить о политической программе протестантского дворянства. По своей внешней структуре новое государство как федерация равноправных земель с сильно ограниченной властью монарха напоминало устройство Республики Соединенных провинций. Однако вся власть в отдельных членах федерации была обеспечена сословным организациям крепостнического дворянства. Королевские города были признаны свободным земским сословием, было восстановлено их самоуправление, но право на занятие государственных должностей оставалось за дворянством, а притязания городов на монополию занятий некоторыми видами торговли и ремесла отклонены. Отсюда противоречия, способствовавшие ослаблению антигабсбургских сил. События 1618–1619 гг. показали слабость социальной опоры Габсбургов. Поддерживавшее их меньшинство господствующего класса — группа аристократов, проникнутых духом воинствующего католицизма, — оказалось не в состоянии организовать серьезное сопротивление оппозиции протестантского дворянства. Восстание было подавлено благодаря военной интервенции союзников Габсбургов, разбивших чешские войска в битве у Белой Горы под Прагой в ноябре 1620 г.
Поражение восстания имело неодинаковые последствия для разных земель: в венгерских владениях Габсбургов были восстановлены прежние порядки, но в чешских и австрийских землях произошли важные перемены, затронувшие и государственный строй, и социальную структуру общества.
Владения активных участников восстания были конфискованы; к концу 20-х годов XVII в. протестантское дворянство должно было либо принять католичество, либо покинуть страну. Значительная часть дворянства утратила собственность и оказалась за пределами страны. Перед восстанием в Чехии было 1382 дворянские семьи, во второй половине XVII в. — всего 441. Конфискованные владения раздавались наемному офицерству, чуждому традициям местного общества. В состав дворянского сословия вошло большое число чиновников развивающегося государственного аппарата. Возвышенная государственной властью бюрократия и новая аристократия становились главной опорой Габсбургской монархии.
К ним добавилось католическое духовенство. Насильственное насаждение католицизма укрепляло материальные основы и престиж католической церкви; в ее руки переходили и традиционные функции религиозного воспитания, и контроль за идейно-культурной жизнью общества вообще. В Чехии в руки иезуитов были переданы и высшие учебные заведения, и надзор над выходящими изданиями. На сословных собраниях здесь было восстановлено представительство духовного сословия, космополитического по своему происхождению и идеологии, связывавшего свое процветание с укреплением власти Габсбургов.
Эти важные изменения в структуре общества вели к уменьшению значения органов сословного представительства. В Австрии наступил упадок, а затем и прекращение законодательной деятельности ландтагов, ограничивавшихся вотированием налогов.
В Чехии новое соотношение сил получило свое отражение в «Обновленном земском уложении» 1627 г., подготовленном в Вене: государственные должности замещались теперь только монархом; земский суд и снем были устранены от участия в законодательной деятельности. Единственной функцией снема стало вотирование налогов; лишь в середине XVII в. ему было предоставлено право издавать распоряжения по вопросам, не затрагивающим прерогатив государственной власти.
Еще одним инструментом укрепления государственной власти стали вооруженные силы. В период Тридцатилетней войны сложилась постоянная наемная армия, подчиненная единому для всей монархии центральному органу — хофкригсрату.
Сословно-представительные монархии, объединявшиеся под властью австрийских Габсбургов, стали постепенно превращаться в единую абсолютистскую монархию. Важной особенностью абсолютизма австрийских Габсбургов был его не национальный характер. Социальные слои, заинтересованные в укреплении этой монархии, не имели связи ни с историческими традициями, ни с национальными интересами тех стран, на территории которых они действовали.
Политическая самостоятельность дворянства была ограничена, но его доминирующая роль в обществе упрочилась. При реставрации католических духовных учреждений в сан епископов, аббатов, каноников посвящали исключительно дворян. В Чехии «Обновленное земское уложение» сохранило все законы, утверждавшие власть господина над крестьянином.