Опасность идей Лютера осознали инквизиторы. Они официально обвинили его в ереси, но канонический процесс двигался медленно. Лютер настаивал на том, что в спорах о христианском учении недопустимо прибегать к отлучению: убеждения нельзя преодолевать насилием, слово может быть побеждено лишь словом. В ответ противники Лютера добились решения о доставке его в цепях в Рим. В дело вмешался, однако, саксонский курфюрст Фридрих Мудрый, решивший поддержать Лютера как своего подданного и воспользоваться его «казусом» в политических целях. Фридриху обещали допрашивать обвиненного в ереси «по-отечески».
Чем дальше разворачивалась борьба, тем большее место в ней начали занимать не вопросы отношения человека к Богу, а проблемы устройства церкви и власти папы. Возрастал и общественный резонанс выступлений Лютера. Важной вехой в истории Реформации стал Лейпцигский диспут Экка с поддерживавшим Лютера преподавателем Виттенбергского университета Карлштадтом и с самим Лютером (лето 1519 г.). Экк утверждал, что Лютер идет в своих заблуждениях по стопам еретиков Виклифа и Гуса, осужденных соборами; Лютер ответил, что в учении Гуса было немало подлинно христианского, а соборы в делах веры могли и заблуждаться. Неслыханное до тех пор отрицание мудрости соборов означало фактический разрыв с ортодоксальной традицией и с Римом. Лютер, однако, лишь укрепился в своих убеждениях, впервые ознакомившись в ту пору с трактатом Гуса о церкви. Сильное впечатление произвела на Лютера и опубликованная Ульрихом фон Гуттеном работа Лоренцо Валлы, разоблачавшая «Константинов дар» как фальшивку. Лютер стал все чаще сравни; вать в своих письмах римскую курию с орудием антихриста и даже писал о необходимости меча для исправления ее пороков.
В 1520 г. в самом светском из своих произведений — «К христианскому дворянству немецкой нации об улучшении христианского состояния» — Лютер предложил программу церковно-политических преобразований. Здесь впервые прозвучал его призыв к немецким сословиям, особенно к дворянству, возглавить антиримское движение и было обосновано учение о «всеобщем священстве», оказавшее революционизирующее воздействие на общественную мысль XVI в. Лютер утверждал, что все миряне облада ют таким же правом на священство, каким прежде обладало только католическое духовенство. Он требовал четко разграничивать прерогативы двух властей — светской и духовной, как и сферы действия двух прав — светского, которому он придавал первостепенное значение в обеспечении порядка, необходимого для христианской жизни, и права церковного. Он обосновывал необходимость секуляризации церковных имуществ и роспуска монашеских орденов; в монастырях следует разместить общественные школы, приюты, госпитали. Стремясь к независимости страны от притязаний папского Рима, Лютер апеллировал к национальным чувствам немецкого народа.
В произведении «О вавилонском пленении церкви» он подверг сокрушительной критике учение церкви о таинствах, признав на основе Священного писания из семи таинств только три (позже — лишь два, крещение и причащение). Отныне компромисс между Лютером и Римом стал невозможным. Новая теология превратилась в знамя общественной оппозиции, ее главные выводы воспринимались массами, не вдававшимися в схоластические тонкости аргументации Лютера, как основание не только для церковных, но и для социально-политических преобразований.
В июне 1520 г. папа Лев X подписал буллу, угрожавшую Лютеру отлучением, если он не отречется от своих заблуждений. В ответ Лютер издал сочинение «О свободе христианина», где подчеркивал, что в вопросах совести христианин не подчиняется никому, в области же внешней, «плотской» свободы гарантами порядка являются существующие власти. Здесь выявлялась бюргерская настроенность Лютера: он рассматривал существовавшую в Германии систему власти князей, обеспечивавшую господство феодальных порядков, как не подлежащую радикальным переменам.
В декабре 1520 г., после того как папская булла вошла в силу и началось сожжение книг Лютера, он ответил публичным символическим актом сожжения одного из экземпляров буллы, а также книги, содержавшей основы канонического права. Смелая позиция Лютера, продемонстрировавшая, что власть папы не безгранична, принесла ему огромную популярность в Германии. Он стал национальным героем. Множество типографий печатали произведения Лютера и его единомышленников, сделав реформационные идеи достоянием широких масс.