Именно в эту пору начало складываться собственное понимание Реформации у крупнейшего выразителя наиболее радикальных настроений периода Крестьянской войны — Томаса Мюнцера (ок. 1490–1525). Испытав воздействие Лютера и средневековой мистики, идей таборитов и учения Иоахима Флорского, он пошел своим путем. В его взглядах и мечтах о справедливом строе христианской жизни важную роль играли представления о Божьем слове, которое открывается избранным непосредственно, наитием, а не из книг. У Мюнцера формировалась концепция близкого всеобщего переворота, совершаемого самими людьми, ревнителями праведной веры. Весной 1525 г. в связи с событиями Крестьянской войны и жестокими преследованиями инакомыслящих Мюнцер перешел к проповеди насильственной борьбы трудового люда против угнетающих его «безбожных тиранов» — господ и властей, к идее завоевания власти простым народом.
Второй крупнейший центр европейской Реформации образовался в Швейцарии в условиях обострившихся социально-политических противоречий в кантонах и под воздействием идей Лютера. Образованные круги страны были хорошо подготовлены к восприятию этих идей деятельностью гуманистов, прежде всего Эразма Роттердамского. Выразителем новой реформационной концепции стал швейцарский священник и гуманист-эразмианец Ульрих Цвингли (1484–1531). Еще в 1516 г., до выступления Лютера, он выдвигал отдельные реформационные требования. Произведения Лютера стали и для него школой новой теологии. С 1519 г. Цвингли в Цюрихе перешел к систематической пропаганде собственного евангелического учения, излагая и комментируя Священное писание.
Влияние местных условий и традиций гуманизма на учение Цвингли, его рационализм и убежденность в исключительной роли для верующего примера Христа и деятельного благочестия определили ряд отличительных черт его доктрины, имевшей, однако, немало сходного с лютеранством. Свои основные идеи Цвингли высказал в программных 67 тезисах (1523 г.) и работах «О божественной и человеческой справедливости» (1523 г.), «Об истинной и ложной вере» (1525 г.), а также «Изложение христианской веры» (1531 г.).
Как и Лютер, Цвингли опирался на авторитет Священного писания и отвергал «священное предание», резко критиковал схоластическое богословие, исповедовал принципы «оправдания верой» и «всеобщего священства», идеализировал раннехристианскую церковь. Он не признавал церковную иерархию, монашество, индульгенции, веру в чистилище, поклонение святым, мощам и иконам, отвергал обряды католицизма во многом последовательнее Лютера. Главное богословское различие? между ними касалось трактовки таинства причастия, более рационалистической у Цвингли.
Принципиальные расхождения Лютера и Цвингли были связаны с их политическими позициями. С молодых лет до конца жизни Цвингли, патриот «швейцарского отечества», был решительным сторонником республиканизма, обличителем тирании монархов и князей. Это проявилось в его антигабсбургской пропаганде, оказавшей большое влияние на отношение верхнегерманских городов к Реформации.
Цвингли считал, что Евангелие Христа не направлено против власти, напротив — оно служит ее укреплению, наставляет на путь истинный, объединяя ее с народом «до тех пор, пока власть действует по-христиански», т. е. не вступает в конфликт с требованиями евангелизма. Правители, не соблюдающие этого установления, согласно Цвингли, могут быть смещены, но не путем восстания, а на основе единодушного согласия всего народа. Покорность тиранам Цвингли рассматривал как грех перед Богом.
Цвингли решительно выступал против бедствия Швейцарии — наемничества и иностранных пенсий, осуждал ростовщичество и монополии. Он порицал крепостничество, но радикальные тенденции его учения имели свои границы: он резко осуждал покушения на собственность и в борьбе с анабаптистами утверждал, что обобществление имуществ есть нарушение заповеди «не укради». В отличие от Лютера, который разграничивал духовную и светскую сферы, Цвингли признавал роль «божественной справедливости» и в мирской жизни, возможность, а при определенных условиях и необходимость политических и социальных перемен. Обязанность осуществлять их Цвингли возлагал на светскую власть.
В цвинглианской общине пастыри избирались верующими. Жизнь общины и нравы ее членов строго регламентировались, нередко в соответствии с суровыми ветхозаветными предписаниями. Для всего периода деятельности Цвингли в Цюрихе было характерно тесное взаимодействие по-новому устроенной общины верующих и выборного городского магистрата. Политический строй в Цюрихе обретал теократический характер. Религиозно-политическое учение Цвингли, более противоречивое, чем лютеранское, было вместе с тем радикальнее него, хотя так же представляло собой разновидность умеренно-бюргерской доктрины. Цвинглианство с его республиканизмом распространилось в 1523–1529 гг. в Швейцарии в Берне, Сен-Галлене, Гларусе, Базеле, Шаффгаузене, а в Верхней Германии его влияние сказалось в Страсбурге, Ульме, Констанце, Линдау, Меммингене. В швабских городах оно соперничало с лютеранством.