В 1529 г. ландграф Филипп Гессенский, заинтересованный в объединении цвинглианской и лютеранской Реформации, устроил в Марбурге встречу Лютера и Цвингли. Принципиальные расхождения по политическим вопросам (князья как главная опора Реформации у Лютера, городской республиканизм как основа Реформации у Цвингли) оказались в Марбурге лишь фоном для резких различий в богословии — в трактовке таинства причастия. Лютер сохранял средневековое представление о реальном присутствии тела и крови Христа в момент таинства. Цвингли понимал причастие лишь как воспоминание об искупительной жертве Христа и Тайной вечере, как символический знак. Замысел ландграфа не удался: отныне Лютер энергично выступал против Цвингли и его сторонников, добиваясь вытеснения цвинглианства в городских общинах Верхней Германии. Это произошло уже после гибели Цвингли, павшего во время военного конфликта швейцарских сторонников евангелизма с католиками: в 1536 г. на основе разработанного Меланхтоном «Виттенбергского согласия» в городах Верхней Германии утвердилась лютеранская трактовка Реформации.
В развитии Реформации в Германии и Швейцарии важной вехой стал 1526 г., когда по решению Шпейерского рейхстага имперские чины получили возможность до церковного собора действовать в религиозных вопросах по своему разумению, «как если бы они были ответственны только перед Богом и его императорским величеством». Выполнение Вормсского эдикта стало необязательным. Евангелические князья и города, принявшие Реформацию, использовали это для укрепления своих позиций.
Широкое развитие получило переустройство школ, в том числе высших; церковные визитации (инспекции) стали частью процесса секуляризации церковных имуществ княжескими и городскими властями и устроения новых земских и городских реформационных церковных порядков. По программе, разработанной Лютером, Меланхтоном и их сотрудниками, проверялись убеждения и действия учителей, университетских преподавателей, проповедников, низших церковных служащих. От них требовали строгого соблюдения предписаний лютеровской Реформации, одобренной властями. Первые церковные проверки провели в 1526 г. в Саксонии. Комиссии из теологов и юристов составляли описи церковных имуществ, изучали жизнь общин, особенно воззрения пасторов и учителей. Члены комиссий жаловались на равнодушие народа ко многим различиям старой и новой церкви, на малую образованность духовенства. Одновременно с проверкой церковные имущества предоставлялись дворянству и горожанам, часть их под контролем властей передавалась на содержание проповедников, школ, университетов. Вслед за Саксонией последовали визитации в Гессене и других территориях, а также в имперских городах. Всюду секуляризация, визитации, преобразование школ и университетов в соответствии с реформационными учебными программами, разработанными Меланхтоном и его учениками, способствовали усилению власти князей и городских магистратов.
В 1529 г. на Шпейерском рейхстаге Карл V, видевший в этом усилении угрозу своим политическим целям, вновь потребовал строгого соблюдения Вормского эдикта. Большинство участников рейхстага постановили повсеместно восстановить католическое богослужение. В ответ 5.князей и 14 городов заявили протест, утверждая, что в делах веры и совести невозможно подчиняться решению большинства. С этого времени сторонников Реформации стали называть протестантами.
На Аугсбургском рейхстаге 1530 г. была предпринята попытка согласовать конфессиональные доктрины и добиться церковного единства католиков и протестантов. Основы лютеранства и его принципиальные отличия от католицизма и учения Цвингли, а также от резко осуждавшегося анабаптизма, не признающего властей, систематически изложил Меланхтон в «Аугсбургском вероисповедании». Свой вариант исповедания прислал Цвингли, четыре верхнегерманских города представили составленную Бу-цером «Тетраполитану». Католики, опираясь на каталог выявленных Эк-ком 404 еретических заблуждений протестантов, дали свой ответ — «Кон-футацио». Требования отмены результатов секуляризации, угрозы объявить всех препятствующих восстановлению позиций старой церкви нарушителями земского мира были неприемлемы для протестантов. Переговоры провалились.