Отход от лютерова учения становился все очевиднее. Идеи, разрабатываемые Мюнцером, вносили в движение дух решительности и страстного нетерпения. Разрыв с бюргерско-умеренной реформацией Лютера был неизбежен.
В марте 1524 г. сторонники Мюнцера разрушили часовню вблизи Альштедта. Наихудшие опасения властей подтвердились: смутьяны не остановились перед применением силы. Тем временем Мюнцер объединял своих приверженцев. Он организовал «Союз избранных» из 30 человек; месяца три спустя их насчитывалось больше 500. Среди них было немало мансфельдских горнорабочих. Заурядный Альштедт стал независимым и грозным центром радикального понимания Реформации. Из Южной Германии приходили вести об участившихся крестьянских выступлениях. Мюнцер упорно создавал тайные союзы своих единомышленников, сознавая неминуемость столкновения.
Католическое духовенство вело с реформаторами ожесточенную полемику, но большего успеха не добилось. Лишь когда многие города осуществили провозглашенные Лютером преобразования, серьезность положения потребовала решительных действий. Князья церкви и правители, верные католичеству, принялись поспешно собирать силы.
Чем яснее становилось, что Лютер взял на себя роль защитника угнетателей, тем острее ощущал Мюнцер необходимость выступить против него печатно. В Альштедте он начал писать «Разоблачение ложной веры». Книжники желают сохранить за собой исключительное право судить о вероучении. Они делают все, чтобы народ, которому так горько дается хлеб насущный, оставался темным. Миром правят тираны, но скоро они будут низложены, сколько бы Лютер ни призывал к покорности властям. Люди из народа должны осознать, что истинная вера внутри их, что они хозяева собственной судьбы. Время, когда мир будет очищен от безбожных властителей, уже пришло.
Внезапно в Альштедт на проповедь явились герцог Иоганн Саксонский с сыном. Толкуя отрывок из книги пророка Даниила, Мюнцер высказал главную свою мысль: тиранов, противящихся воле Божьей, следует низвергнуть. Нечестивцы, угнетающие и обманывающие народ, не имеют права жить. Князья должны способствовать их искоренению, иначе они лишатся власти.
«Проповедь перед князьями» напечатали, но вскоре Мюнцеру пришлось покинуть Альштедт: Лютер не жалел сил, чтобы восстановить против него властителей Саксонии. Мюнцер нашел прибежище в богатом имперском городе Мюльхаузене. Здесь при его участии были составлены статьи с требованием перемен: новый магистрат, памятуя о страхе перед Господом, должен покончить с произволом, угнетением, разгулом корыстолюбия. Все это противно Божьему праву. Даже в суде надлежит руководствоваться Евангелием.
Хотя цехи одобрили эти требования, осуществлены они так и не были. Магистрат пребывал в нерешительности. Наиболее влиятельные его члены, опираясь на зажиточных крестьян округи, добились высылки сеющих смуту проповедников. Но все-таки в Мюльхаузене свыше 200 человек вступили в основанный Мюнцером союз.
Ему была ясна подстрекательская роль Лютера, который добивался его изгнания из Альштедта и Мюльхаузена. Теперь, когда все чаще приходили вести о выступлениях крестьян в Южной Германии, а Лютеровы пособники навязывали народу искаженное понимание Евангелия, обличение книжников стало наипервейшей задачей. Рукописи двух своих памфлетов — «Разоблачение ложной веры» и «Ответ лишенной духа, сладко живущей Плоти виттенбергской» — Мюнцер отправил печатать в Нюрнберг.
Доктор Люгнер (т. е. Лжец), писал он в «Ответе», высмеивает истинный дух веры и прикрывается Библией, словно фиговым листком. Он науськивает власти на воров и разбойников, но умалчивает об источнике преступлений. Главная причина воровства и разбоя — господа и князья, которые присвоили себе все — рыб в воде, птиц в небесах, злаки на земле. Они твердят «Не укради!», сами же дерут три шкуры с пахарей и ремесленников. Но если кто посягнет хоть на каплю господской собственности, его тащат на виселицу. А доктор Люгнер благословляет палачей. Многие радуются, что не надо платить попам налогов, и не видят, что стало в тысячу раз хуже. Лютер, проповедуя покорность, не хочет трогать князей, хотя они больше остальных заслуживают кары, ибо не хотят уничтожить корень возмущения. Однако народ, раскусив нового папу, поднимется против тиранов: «Народ станет свободным, и один лишь Бог будет над ним господином!»
После изгнания из Мюльхаузена Мюнцер через Южную Тюрингию, Нюрнберг и Базель отправился в Шварцвальд. В Верхней Германии он пробыл несколько недель. Хотя мало прямых свидетельств о его роли в крестьянских выступлениях, идеи Мюнцера, несомненно, оказали и там свое революционизирующее влияние.
Мир накануне переворота, подготовленного всем ходом истории. Его можно осуществить без кровопролития, если неправедные люди откажутся от захваченных привилегий и согласятся жить по Божьему праву, вступив в «Христианское объединение».