Крупнейшие религиозно-политические конфликты, потрясавшие страны Западной Европы, затрагивали и другие регионы Европы. Официальная политика Филиппа II Испанского и его сына, направленная на насильственное подавление протестантизма, более всего сказывалась на политике их ближайших союзников и родственников — австрийских Габсбургов. Испанские правители при поддержке папской курии способствовали и в своих владениях и за их пределами — в Империи — насаждению католицизма, хотя в Империи, где власть императора была ограничена и он нуждался в согласии протестантских князей для получения субсидий на войну с османами, она не могла проявляться в острых формах. Свободу действий австрийских Габсбургов ограничивала и сильная протестантская оппозиция в их собственных владениях. Поэтому из тактических соображений императоры Австрийского дома предпочитали предоставлять инициативу правителям Баварии. Именно под эгидой этих правителей, также тесно связанных с Испанией и папством, действовали созданные орденом иезуитов антипротестантские центры. Стремясь разъединить противников, прогабсбургский лагерь в Германии избрал объектом своего нападения прежде всего кальвинистов, на которых формально не распространялись условия Аугсбургского религиозного мира. От насильственного подавления некатолических меньшинств в собственных владениях католические князья стали постепенно переходить к попыткам рекатолизации отдельных политических центров и за их пределами. В 1607 г. войска Максимилиана Баварского оккупировали имперский город Донауверт за преследования местных католиков. В ответ в 1608 г. образовалось политическое объединение кальвинистских князей Прирейнской Германии — Евангелическая уния. Находившееся под патронатом Генриха IV объединение после его смерти стремилось всячески укреплять контакты с Голландией и Англией. Вслед за образованием унии в 1609 г. образовалась Католическая лига — союз духовных и светских князей Южной и Юго-Западной Германии во главе с Максимилианом Баварским. Австрийские Габсбурги не вступили в лигу, но установили с ней самые тесные связи, а испанское правительство оказывало ей прямую поддержку. Хотя в самой Германии явный перевес сил был на стороне католиков, у Евангелической унии обнаружились союзники в центральноевропейских державах Габсбургов.
Поворот Габсбургов к политике Контрреформации вызвал соответствующую реакцию местного протестантского дворянства. Уже в период внутриполитического кризиса 1606–1608 гг. протестантские сословия Австрии и земель Чешского королевства, выступая против религиозной политики Габсбургов, искали поддержки у протестантских курфюрстов и главы Евангелической унии — курфюрста Пфальцского. Обсуждался вопрос о заключении тайного соглашения для совместной борьбы против Габсбургов. Тем самым не только австрийские Габсбурги, но и значительная часть княжеств Германии в начале XVII в. оказались вовлеченными в складывавшуюся в Европе систему внешнеполитических союзов; заняли определенное место в этой системе и протестантские сословия.
Новым явлением европейских международных отношений того времени стало также изменение взаимоотношений Речи Посполитой с Габсбургами. Отношения эти носили достаточно сложный и противоречивый характер, моменты сотрудничества и сближения перемежались периодами довольно острых разногласий, в частности в ходе Ливонской войны. Объявленная императором Фердинандом I блокада Российского государства, начавшего войну с Ливонским орденом, отвечала интересам польских и литовских феодалов. Но притязания Габсбургов на признание их верховной власти над Ливонией, как частью Империи, не могли встретить понимания ни в Вильне, ни в Кракове. Заметно расходилась и политика Речи Посполитой и Габсбургов по отношению к Османской империи. На польский трон был избран враждебный Габсбургам правитель Трансильвании.
К концу XVI в. трения стали сменяться тесным политическим сотрудничеством. Польский король Сигизмунд III (1587–1632), сын шведского короля Юхана III, получивший польскую корону благодаря родству с Ягеллонами, был фанатичным католиком. Современники называли его «Филиппом II Севера», хотя он не обладал огромными ресурсами правителя Испании. Попытки Сигизмунда III при поддержке части аристократии подготовить реставрацию католицизма в Швеции натолкнулись на мощное сопротивление шведского общества и закончились полной неудачей и низложением его со шведского трона. В Речи Посполитой, где Сигизмунд III пытался под предлогом борьбы с еретиками укрепить свою власть, его политика также вызвала серьезное недовольство дворянства, особенно протестантского. И в борьбе с недовольными подданными, и в попытках вернуть шведский трон Сигизмунд III искал поддержки Габсбургов. Наметившееся сближение, скрепленное браками Сигизмунда III с сестрами будущего императора Фердинанда II, было оформлено в соглашении о союзе, заключенном в 1613 г. между Сигизмундом и императором Матвеем; оно предусматривало, в частности, взаимную помощь монархов в случае восстания их подданных.