Между тем шведский генерал Кенигсмарк внезапно подошел к Праге и овладел ее аристократической частью на левом берегу Влтавы — Малой стороной. Однако население основной части Праги — Старого и Нового города — взялось за оружие. Шведы подтянули подкрепления, окружив город в сентябре — октябре 1648 г. со всех сторон. Штурм следовал за штурмом. В конце октября к Праге подошла посланная на выручку имперская армия. Когда обе армии изготовились к сражению, пришло известие о мире.
Заключенный 24 октября 1648 г. одновременно в Мюнстере и Оснабрюке мирный договор вошел в историю под наименованием Вестфальского. Император признал за князьями право вступать в союз друг с другом и с иностранными державами — «право на мятеж против императора, междоусобную войну и измену отечеству,
Швеция получила Западную Померанию, город Висмар, секуляризованные епископства Бременское и Верденское, закрепив тем самым свой контроль над устьями важнейших судоходных рек Германии — Одера, Эльбы и Везера.
Более других германских князей расширил свои владения курфюрст Бранденбургский. Кроме Восточной Померании с епископством Каммин, он получил архиепископство Магдебургское и епископства Хальберштадтское и Минденское. Его княжество, игравшее жалкую роль на протяжении всей войны, заняло по ее окончании чуть ли не второе место в Германии после императора, главным образом потому, что Франция сочла полезным поддержать его в противовес Швеции.
Наследники опального Фридриха Пфальцского получили обратно вместе с курфюршеским титулом лишь часть прежних его владений — Нижний, или Рейнский, Пфальц, тогда как Верхний Пфальц остался за Баварией. Герцог Максимилиан сохранил за собой и сан курфюрста, и в результате общее число курфюрстов Империи увеличилось до восьми. Все опальные князья и города были амнистированы.
Получила признание независимость Швейцарского союза и Республики Соединенных провинций от Империи.
Неясность создавалась тем, что испанцы и французы продолжали воевать друг с другом на территории Бельгии, Лотарингии и Бургундии, хотя эти земли формально входили в состав Империи и, согласно мирному договору, должны были вместе с ней выйти из войны.
Религиозно-церковные вопросы не вызвали при заключении мира значительных споров. По сути, они были решены уже в 1635 г.
Кальвинистские князья были уравнены в правах с лютеранами и католиками, правители по-прежнему могли изгонять подданных, не желавших исповедовать религию государства. Церковные имущества, присвоенные протестантскими князьями до 1624 г. (для Пфальца и его союзников была установлена дата 1619 г.), были оставлены в их распоряжении, но впредь такие захваты запрещались.
В 1649–1650 гг. шведы покинули Чехию, Моравию и Силезию, а в мае 1654 г. войска всех воевавших сторон отошли за намеченные мирным договором границы.
В ходе Тридцатилетней войны поставить противника на колени не удалось ни одной из сторон. Если сравнить довоенное положение участников войны, а также сопоставить их цели с достигнутыми результатами, то к победителям следует отнести французскую монархию, которая приобрела ряд важных территорий и заложила фундамент для претензий на общеевропейскую гегемонию. Швеция, не достигшая целей, поставленных Густавом Адольфом, все же захватила в Германии важные позиции. Австрийские Габсбурги не стали хозяевами Центральной Европы, но их монархия вышла из войны окрепшей. Победили немецкие князья, превратившиеся в независимых государей; многие из них добились и территориальных приращений.
Германия оказалась в невыгодном положении по отношению к западным соседям, которые, постоянно вмешиваясь в ее дела, поддерживали внутренние распри и мешали объединению страны.
Тридцатилетняя война завершила собой историческую эпоху. Она решила вопрос, поднятый Реформацией, — вопрос о месте церкви в государственной жизни Германии и ряда соседних стран. Вторая важнейшая проблема эпохи — создание национальных государств на месте средневековой Священной Римской империи — решена не была. Империя фактически распалась, но далеко не все возникшие на ее развалинах государства имели национальный характер. Напротив, условия национального развития немцев, чехов, венгров значительно ухудшились. Возросшая независимость князей препятствовала национальному объединению Германии, закрепила раскол ее на протестантский север и католический юг.