С началом Контрреформации картина резко изменилась: церковь взяла книгопечатание под свой контроль. Индексы запрещенных книг, жестокая цензура, многочисленные ограничения нанесли книжному делу Италии ощутимый урон.
Стремление преодолеть внутренние противоречия, концентрировать силы в борьбе против схоластики и догматического восприятия мира вело к созданию эрудитских собраний, кружков и академий уже в XV в.
XVI в. отмечен особым интересом к академиям. Эти объединения оставили заметный след в истории итальянской культуры. Весьма далекие от нынешних академий, лишь в конце XVI–XVII в. они стали обретать характер истинно научных обществ, специализировались’академии художников, литераторов, академии ученых естественных наук. Им давались символические, часто шутливые названия. Наиболее известны академия «Гневных» в Риме, «Темных» в Лукке, «Проснувшихся» в Неаполе, «Рыцарей» в Палермо, «Мокрых» во Флоренции. Последняя, преобразованная в академию «делла Круска» («заботящаяся о чистоте языка»), выпустила первый большой «Словарь итальянского языка» (1612 г.). Знаменитая академия «Линчеи» («рысьеглазых»), основанная в 1603 г., стала национальной академией Италии, существующей и поныне. Так, формирование новой культуры совершалось нетрадиционными путями, в обход школ и университетов, где в значительной мере сохранялись старые традиции. Но передовые идеи проникали и в итальянские университеты. Отсутствие в них теологических факультетов (существовали лишь кафедры богословия), приоритет медицинских и юридических факультетов, относительная независимость их от церковных властей облегчали возможность более свободного исследования природы и человека. Значение университетов велико и в языковой подготовке гуманистов. В XVI в. крупным центром философской мысли и медицины стал Падуанский университет. В нем работали Везалий и его ученики, изучавшие, несмотря на церковные запреты, строение человеческого тела. Здесь читал лекции Пьетро Помпонацци, отрицавший бессмертие человеческой души; позднее преподавал Галилей. Тут царил дух скепсиса и рационализма, из стен университета вышло немало вольнодумцев и «ересиархов», развивавших смелые антикатолические суждения.
Нигде так отчетливо не проявлялись противоречия, раздиравшие итальянское общество XVI — первой половины XVII в., как в социальной мысли. Грандиозный культурный переворот, совершившийся в эпоху Возрождения, сказался и на развитии политической теории. Огромное влияние на ее развитие оказал Никколо Макиавелли (1469–1527), один из титанов Возрождения. Его «Рассуждения о первой декаде Тита Ливия», «Государь», «Жизнь Каструччо Кастракани», «О военном искусстве», «История Флоренции» проникнуты чувством патриотизма и раздумьями о судьбах Италии. Это теоретические исследования, цель которых — выявить возможность создания на полуострове сильного государства, способного отразить натиск чужеземцев. Гуманистическая идея общего блага поставлена писателем на службу прогрессивных сил итальянского общества — зарождавшейся буржуазии и части пополанства, пытавшихся воздвигнуть преграду на пути начавшейся феодальной реакции. В понимании Макиавелли эта идея приобретала, однако, своеобразный оттенок, выливаясь в учение о «государственном интересе», что вело к абсолютизации института государства. Макиавелли был решительным врагом аристократии, мелкодержавных князей, католической церкви и папства. В их эгоистической политике он усматривал главные причины слабости страны. Особо резкими были его нападки на церковь. Придавая большое значение религии в нравственном воспитании людей, Макиавелли отмечал, Ито сама она — порождение человеческого ума и создана в интересах государства. Он освобождал политику из-под власти христианской морали, подчинял религию политике.
Макиавелли считал, что Италия нуждается в сильной власти. Созданный им образ всемогущего государя, один из самых ярких в эпоху Возрождения, вызвал бесчисленные споры, ибо сочетал в себе идеальные черты (служение отечеству, долгу, всеобщему благу, духовная мощь) с реальными чертами кондотьера и тирана. К великой цели — учреждению прочного государства— правитель, по Макиавелли, идет, избирая предпочтительно «человеческий путь», путь добродетели. Но в случае необходимости, ради общего блага, он может пренебречь законами нравственности, свернуть на «звериную тропу», быть жестоким, хитрым и коварным. Этот образ не выдуман Макиавелли, он списан с натуры. Макиавелли обвиняли в безнравственности и беспринципности — так называемом макиавеллизме. Но между Макиавелли и макиавеллизмом нет знака равенства. Макиавелли был решительным противником деспотизма, его государь действует только в интересах общества, опираясь на народ, под которым понимались средние слои — пополаны.