Во второй четверти XVII в. возросло число школ во всех странах региона. В Эстонии и Латвии они были лютеранскими и обслуживали потребности немецких феодалов, бюргеров, пасторов. После перехода всей Эстонии к Швеции были открыты гимназии в Таллинне (1631 г.) и Тарту (1630 г.), последняя в 1632 г. стала академией, т. е. университетом. В Литве, Белоруссии и на Украине продолжалась борьба за умы между протестантскими, католическими и православными школами. На Украине и в Белоруссии религиозные конфликты являлись формой борьбы против национального угнетения, поэтому православные школы стали важнейшими очагами украинской и белорусской культуры.
Крупнейшим учебным заведением Украины был Киево-Могилянский коллегиум, возникший в 1632 г. в результате слияния Киевской братской школы, основанной в 1615 г., и школы при Киево-Печерской лавре, основанной в 1631 г. В 1701 г. новое учебное заведение получило права академии, хотя неофициально его именовали так сразу же после основания. Кроме четырех низших курсов, коллегиум имел курсы поэтики, риторики, философии. Лекции читались на латинском языке, как и в западноевропейских университетах и коллегиумах того времени.
Коллегиум являлся не только просветительным, но и научным центром. Профессора, как видно из записей лекций Иосифа Кононовича-Горбацкого 1639–1640 гг. («Учебник логики») и Иннокентия Гизеля 1645–1647 гг. («Общий очерк философии»), не ограничивались изложением концепций, общепринятых в европейской науке того времени, но и самостоятельно разрабатывали проблемы логики, психологии и других отраслей знания. У Кононовича-Горбацкого при освещении диалектики прослеживаются черты номинализма. По его мнению, логика должна изучать термины как знаки вещей и понятий, отражающих объективный мир. Иннокентий Ги-зель, оставаясь в целом на позициях объективного идеализма, в некоторых вопросах приближался к идеям материалистического сенсуализма. Он признавал вечность материи, выступал против слепого поклонения авторитетам, считал необходимым делать научные выводы с помощью рациональных аргументов и на основе изучения явлений природы. Преподаватели Киево-Могилянского коллегиума, других коллегиумов Украины, Белоруссии и Литвы глубоко изучали античное научное наследие, отдельные произведения ренессансных мыслителей.
Вильнюсский университет являлся главным центром догматической поздней схоластики, видевшей свою задачу в механической систематизации наследия Аристотеля и Фомы Аквинского. Определенное новаторство допускалось в немногих областях, в частности получила развитие формальная логика. Стал известным, в том числе и за рубежом, фундаментальный курс логики вильнюсского профессора Мартина Смиглецкого. Аристотелизм, модернизированный в духе протестантской доктрины, культивировался и в лютеранских школах Латвии и Эстонии.
Учебные заведения были также главными центрами развития филологических наук. Педагоги-гуманисты считали важной целью обучения овладение красноречием, которое помогало развитию умственных способностей, подъему нравственного уровня учеников и всего общества. Этим, а также ролью слова в национально-религиозной борьбе объясняется внимание, уделяемое книжниками того времени вопросам грамматики, поэтики, риторики. Известный новолатинский поэт М. Сарбевский, преподававший в Кражяй, Полоцке и Вильнюсе, в своем курсе поэтики сочетал ренессансные положения с барочной теорией консептизма, требовавшей необычных форм выражения мысли, неожиданных ассоциаций и противопоставлений. В курсах поэтики и риторики, читавшихся в Киево-Могилянском коллегиуме, излагалась античная литературная теория, дополненная эстетическими учениями периода барокко.
Украинские и белорусские деятели культуры придавали огромное значение изучению грамматических основ греческого и особенно древнеславянского (церковнославянского) языка, воспринимавшегося не как иностранный, а как самый высокий стиль собственных литературных языков восточнославянских народов. У восточных славян первыми печатными грамматическими трудами стали «Аделфотес» — учебник грамматики греческого и древнеславянского языков, составленный учениками Львовской братской школы под руководством Арсения Элассонского (Львов, 1591), и «Грамматика словенска…» Лаврентия Зизания (Вильнюс, 1596). Важным этапом развития славянской лингвистики явилась грамматика Мелетия Смотрицкого (1619 г.), долго служившая пособием для изучавших древнеславянский язык и литературные языки восточных славян. В 1643 г. студент Парижского университета Иван Ужевич составил латиноязычную грамматику украинского книжного языка.