Острая идеологическая борьба между силами Реформации и Контрреформации, вдохновителем которой стал орден иезуитов, развернулась и в Эстонии, разделенной в последней четверти XVI — первой четверти XVII в. между католической Польшей и лютеранской Швецией. Эта борьба отразилась и в сфере образования. Иезуиты создали в Тарту свою коллегию и при ней первую на территории Эстонии гимназию, основали семинарию переводчиков, издавали религиозную литературу на эстонском языке. В 1585 г. в Вильнюсе был отпечатан эстонский католический «Катехизис», в 1622 г. в Браниево издан справочник для священников, включавший тексты на эстонском языке. Влиянию иезуитов среди эстонцев в Тарту противостояла эстонская лютеранская приходская школа, в Таллинне — лютеранская городская школа, реорганизованная на рубеже XVI–XVII вв.
С 80-х годов XVI в. важнейшими центрами украинской и белорусской культуры становятся братства. Крупнейшие из них (Львовское, Успенское, Виленское, позже Могилевское и ряд других) были общественно-политическими организациями православных горожан, боровшихся и против экспансии католицизма, и против засилья в культурной жизни верхушки православного духовенства. Около 1585 г. при Львовском братстве возникла школа, которой руководили ремесленник-седельщик Юрий Рогатинец, торговец Иван Красовский, мастер-портной Дмитрий Красовский и другие горожане. В школу принимали детей разных сословий. Младшие ученики изучали грамоту и основы пения по нотам, старшие — грамматику древнеславянского и греческого языков, риторику, поэтику, элементы философии. В уставе братской школы («Порядке школьном») чувствуется влияние передовой гуманистической педагогики. От учителя требовали, чтобы он являлся образцом высоконравственного поведения; почетные первые скамьи в школе предназначались лучшим ученикам, «даже если они были бы очень бедными». Ограничивалось применение телесных наказаний. Под влиянием нескольких крупных братских школ возникают многочисленные школы грамоты при братствах и церковных приходах в большинстве городов, а позже и во многих селах Украины и Белоруссии. Типичным явлением стали странствующие (мандрованные) учите л я-дьяки, которые нередко устраивали представления вертепа, вместе с учениками распевали рождественские колядки, подрабатывали перепиской книг.
С деятельностью братств и братских школ связано и дальнейшее распространение книгопечатания. Более 200 лет — с 1585 по 1788 г. — действовала типография Львовского братства, выкупившего у ростовщика оборудование умершего первопечатника Ивана Федорова. Кроме богослужебных книг, типография напечатала греческо-славянскую грамматику, буквари, стихи и драматические произведения украинских писателей.
До середины XVII в. на Украине работало 25 типографий: 17 принадлежали украинцам и издавали книги на украинском и древнеславянском языках, 6 были собственностью поляков-католиков, одной владели протестанты и одной — армяне. Крупнейшим издательским центром стала основанная в 1616 г. типография Киево-Печерской лавры — ее издания были особо авторитетны во всех восточнославянских странах. Успешно работали и частные типографии купца из Белоруссии Михаила Слезки (Львов), запорожского казака Тимофея Вербицкого (Киев). Книгопечатание Литвы и Белоруссии развивалось иначе, отражая большую пестроту конфессионального состава населения. Крупнейшим центром книгопечатания стал Вильнюс. Книги кирилловского шрифта на древнеславянском и белорусском языках издавали здесь типографии купеческого дома Ма-моничей, Виленского братства. На польском и латинском языках выпускали книги протестантские типографии; в одном Вильнюсе их было несколько. Одна из них — типография Моркунаса напечатала «Катехизис» М. Даукши на литовском языке. Крупнейшая латинско-польская типография была основана при Вильнюсской академии. Белорусский книгопечатник Спиридон Соболь, начавший свою издательскую деятельность в Киеве, а позже издал несколько книг в Восточной Белоруссии — в Кутеине, Буй-ничах, Могилеве.
Первая типография на территории Латвии возникла в 1588 г. в Риге; до 1625 г. ее мастер Николаус Моллин выпустил 160 изданий — 117 на латинском языке, 40 на немецком, 3 на латышском. В начале XVII в. Рижская типография сыграла важную роль и в издании церковной литературы для Эстонии, где позже возникли типографии при гимназиях в Тарту (1631 г.) и Таллинне (1633 г.). Книги здесь печатались на латинском, немецком, шведском языках, в Таллинне — также и на эстонском. Среди латинских и немецких изданий преобладали малотиражные научные издания небольшого объема. Книги на эстонском языке выходили большими тиражами, лучше оформлялись, но тематика их оставалась исключительно религиозной — в основном предназначенные пасторам пособия для проповеди среди местного населения.